22 июня 1941 года в университете, как и во всех высших учебных заведениях страны, шла летняя экзаменационная сессия. Известие о разбойничьем нападении гитлеровской Германии на СССР до глубины души взволновало и потрясло всех советских людей. Через несколько часов после правительственного сообщения в ректорат и партком университета стали поступать десятки заявлений от членов коллектива с просьбой немедленно отправить их на фронт. А студенты химического факультета Борис Мартынов, Василий Кудайкин, Александр Ауров, Владимир Нефедов и в числе их будущий академик Григорий Девятых отправили свое коллективное заявление прямо в областной военный комиссариат. В нем они писали: «Просим зачислить нас добровольцами в ряды РККА, всех в одну часть. Клянемся отдать все силы, а если потребуется и жизнь, в борьбе за счастье Родины». На следующий день на партийном собрании коммунисты с гневом и возмущением клеймили вероломство фашистских агрессоров и выражали непоколебимую уверенность в том, что враг будет разбит. Собрание призвало коллектив работников университета к высокой бдительности, железной дисциплине и самоотверженному труду во имя защиты социалистической Родины. Коммунисты приняли решение считать себя мобилизованными на борьбу с фашистскими ордами. 25 июня 1941 года состоялся общеуниверситетский митинг студентов, преподавателей, рабочих и служащих. Официальное заявление Советского правительства зачитал ректор университета М. А. Шеронин. Секретарь партийной организации Я. Н. Николаев заверил партию и Советское правительство в том, что коллектив университета вместе с рабочим классом и крестьянством, со всей интеллигенцией будет в одном боевом строю защитников Родины. На трибуну поднимались профессора и студенты. В их речах звучало глубокое чувство ответственности за судьбы Родины. Призыв партии: «Все на защиту Родины!»— нашел горячий отклик у советских людей. 26 июля коллектив университета провожал на фронт первую группу добровольцев. Среди них были Я. Н. Николаев, Н. В. Слепнев, В. М. Офицеров, А. А. Квасов и др. 1 июля состоялись торжественные проводы добровольцев, вошедших в состав Горьковского коммунистического батальона. В эту группу входили: А. А. Липкин, В. А. Митрофанов, П. В. Ширяев, И. М. Хренов, Б. П. Мартынов, Н. В. Постников, Ю. Кемарский, П. Самсонов, К. Н. Птицын, A. Самсонов, В. К. Мошков, В. И. Денежкин, А. Кубонин, B. Кузнецов, В. Г. Кудайкин, Г. Козак, Ф. Вылегжанин, Т. Ковалетов, В. Д. Нефедов, А. П. Ауров, Н. Шунин и др. Всего в первые дни войны в действующую армию из университета ушли добровольцами более 50 человек, из них 5 научных работников. Все они были коммунистами или комсомольцами. Враг рвался в глубь страны, партия и народ принимали экстренные меры к ее обороне. В начале июля в университете была организована мужская команда народного ополчения, в которой занимались 37 человек. В августе была организована женская команда из 125 человек, ее возглавила доцент биологического факультета В. А. Гусева. 260 студентов университета пошли работать на предприятия города и области. Это были главным образом девушки, они работали в качестве подсобных рабочих по производству и отправке на фронт военной продукции. В условиях жестокой войны сроки обучения в вузах были сокращены с 5 лет до 4 лет. За выпуском 5-го курса состоялся выпуск окончивших 4-й курс. В 1941-42 учебном году в университете обучались 473 студента, большая часть юношей и девушек по призыву и добровольно ушли на фронт.
Война сократила материальную базу университета. Некоторые помещения пришлось освободить для военных нужд. Под военное училище было передано одно из двух студенческих общежитий. На фронт уходили научные, высококвалифицированные кадры. Работать стало гораздо труднее, но студенты, преподаватели, сотрудники Горьковского университета вместе со всем советским народом напрягали все силы для разгрома врага. Всюду работа перестраивалась на военный лад. Активно включились в этот процесс и ученые университета. Осенью 1941 года, когда фашисты стали непосредственно угрожать Москве, учебные занятия в университете временно прекратились. По решению Горьковского городского комитета обороны свыше трехсот студентов и сотрудников выехали на сооружение оборонительной трассы. Участник событий, работник ГИФТИ В. Н. Щербаков вспоминает: «Начальником общеуниверситетского отряда был назначен преподаватель физико-математического факультета коммунист Алексей Константинович Шевелев, комиссаром — доцент химического факультета коммунист Константин Андреевич Новосельцев. Для более четкого и удобного руководства отряд разбивался на бригады и взводы. Жили в соседних деревушках. В течение ноября — декабря отряд университета отрыл несколько километров противотанковых рвов, а также построил десятки дотов и дзотов». Сырая осень с дождями и снегом, а затем рано наступившие холода создавали особые трудности. Но преподаватели и студенты работали с зари до зари. Перерыв устраивался только на обед. Особенно самоотверженно трудились девушки. Землеройной техники не было. Все, чем располагали трудармейцы,— это ломы, лопаты, носилки, по размерам и весу рассчитанные вовсе не на 17—18-летних девушек. С наступлением холодов землю приходилось разбивать ломами. Отдача сил была предельной. В конце декабря были подведены итоги работы сводных отрядов и бригад. Оказалось, что университетская колонна, и особенно девушки, имела лучшие показатели по производительности труда и по общей выработке. Решением Горьковского городского комитета обороны все участники оборонительных работ были награждены почетными грамотами, а начальник колонны А. К. Шевелев, комиссар К. А. Новосельцев и руководители лучших бригад удостоены орденов и медалей. Кроме того, начальник общеуниверситетского отряда А. К. Шевелев и бригадир первокурсников физмата В. Н. Щербаков были награждены еще и медалью «За оборону Москвы». Учебные занятия возобновились в университете с 5 января 1942 года. В основу подготовки специалистов были положены переходные учебные планы, разработанные кафедрами и утвержденные учеными советами факультетов. По указанию Наркомпроса РСФСР в планы были включены практические занятия по изучению сельскохозяйственных дисциплин, а также военная подготовка по 110-часовой программе. В связи с сокращением сроков семестра, введением дополнительных занятий учебная нагрузка в неделю стала достигать 46—48 часов. В первую военную зиму университет испытал немало трудностей, особенно со снабжением топливом. С середины зимы стало холодно в зданиях факультетов и в общежитии. Январская экзаменационная сессия была перенесена на начало апреля. На экзамены и зачеты выносились по 6—7 дисциплин. Но несмотря на напряженные условия, студенты в подавляющем большинстве сдали зачеты и экзамены успешно. Тем не менее по разным причинам отсев студентов продолжался. Так, если в начале учебного года в университете числилось 473 студента, то к концу первого семестра их осталось 319. Многие уходили на фронт, на оборонные заводы. Второй семестр также начался с повышенной учебной нагрузкой. Продолжали вводиться новые курсы, продиктованные военной обстановкой. Еще в августе 1941 года Комитет по делам высшей школы утвердил новую программу физической подготовки студентов, физкультура стала частью военной подготовки. Важнейшее место в программе занимали штыковой бой, метание гранат, ходьба на лыжах. Несмотря на массу трудностей, вызванных военной обстановкой, ректорат, партбюро, руководители факультетов и кафедр умело занимались организацией учебного процесса, и это в целом давало положительные результаты. Летняя экзаменационная сессия прошла более организованно, чем зимняя. Ее результаты были лучше, неудовлетворительных оценок оказалось 5,8% против 19% в зимнюю. При всех трудностях и недостатках университет выпустил в 1942 году около 100 специалистов, крайнюю нужду в которых испытывало народное хозяйство. Много пришлось потрудиться над комплектованием первого курса в 1942-43 учебном году. На 180 мест 1 августа было подано лишь 122 заявления. Зачислено было 115 человек. Прием заявлений пришлось продлить до 25 августа. И все же полностью первый курс укомплектован не был. В условиях суровой зимы 1942-43 учебного года университету предстояло пережить серьезные трудности. Резко обострилась топливная проблема. Уголь нужен был заводам и фабрикам. Заготовку дров при резкой нехватке рабочей силы и транспорта осуществить было невозможно. В декабре перестали отапливаться почти все помещения биологического и физико-математического факультетов и общежитие. На биологическом факультете температура в аудиториях опускалась ниже нуля. Профессор С. С. Четвериков вспоминает: «От холода страдали все лабораторные работы. Но ученые находили в себе силы и мужество читать лекции при температуре ниже нуля, в верхней одежде, шапках, валенках и даже варежках, вести лабораторные занятия с микроскопом, который все время запотевал от дыхания, а вода замерзала в пробирках». На химическом и биологическом факультетах временами отсутствовала электроэнергия. По этой причине срывались занятия в утренние часы. Продолжался отсев студентов: к началу зимней сессии осталось 300 человек. К лету 1943 года число студентов сократилось до 274 человек. Окончили университет только 4 человека. Но тот же 1943 год был и годом коренного перелома в ходе войны. Успехи Красной Армии наглядно демонстрировали всему миру неизбежность краха фашизма. Близился конец тяжелых испытаний. Социалистическая Родина усилила заботу о кадрах, так необходимых народному хозяйству страны. На первые курсы трех факультетов ГГУ было принято 330 человек. На 1 октября 1943 года в университете насчитывалось 590 студентов, учебно-воспитательную работу вели 24 кафедры. Занятия в 1943-44 учебном году протекали уже в более благоприятных условиях. В аудиториях и общежитиях было в основном тепло: бригады студентов и сотрудников доставляли топливо с лесоразработок. Но решены были далеко не все проблемы. Успеваемость студентов в те годы составляла всего лишь 64%. Важную помощь ректорату в учебно-воспитательной работе оказывала партийная организация университета. Для студентов был организован постоянно действующий лекторий на научно-популярные и общественно-политические темы. С отстающими стали проводиться дополнительные занятия. Отдельные студенты были прикреплены к преподавателям. В результате принятых мер успеваемость повысилась до 73,6%. Формы и методы политико-массовой работы стали более разнообразны: практиковались личные беседы, вечера целевого назначения и другие мероприятия. Все это вело к активизации общественно-политической жизни коллектива и к росту рядов партийной организации, которая в 1944 году состояла из 30 членов и 10 кандидатов в члены партии, а в ноябре 1945 года в университете было уже 65 членов и 12 кандидатов в члены партии. В трудные годы Великой Отечественной войны ученые университета с честью справились с возложенной на них задачей по подготовке кадров, отдавали все силы делу беззаветного служения социалистической Родине.
