(хранятся в Отделе рукописей Гос. библиотеки им. В. И. Ленина)
1. Фармакология. 1825, 39 листов.
2. Программа курса патологии на 1826/1827 год. 48 листов.
3. Терапия общая. 1827, 58 листов.
4. Общая терапия. 1828, 113 листов.
5. Предварительные сведения по частной терапии. 1828, 105 листов.
6. Общая патология. 1828, 119 листов.
7. Предварительные понятия. 1829, 42 листа.
8. Патология. Симптомология 1830, 139 листов.
9. Различные заметки по вопросам медицины. 1830, 32 листа.
10. Общие патологические учения. При репетиции записки. 1830, 1 лист.
11. О методах лечения натуральных, 1834, 18 листов (запись В. Н. Бензенгра).
Среди рукописей И. Е. Дядьковского хранится также объемистая тетрадь (422 листа), озаглавленная: «Общая патология и этиология». По формуляру библиотеки она условно числится рукописью «Евдокима Иустиновича Дядьковского, (1833 год)». Кем и когда был составлен формуляр неизвестно. Текст в отличие от всех остальных рукописей И Е. Дядьковского написан не рукой Дядьковского. В отличие также от всех его рукописей, содержащих над названием или рядом с ним его подпись, тетрадь эта нигде не содержит никаких указаний на него. Отсутствует и авторская правка рукой Дядьковского. Тот факт, что имя Дядьковского в формуляре спутано, указывает, что написавший его близко не знал ни Дядьковского, ни его труды. Все это убеждает нас в том, что текст этой тетради не может быть признан принадлежащим И. Е. Дядьковскому.
12. Лекции. Год написания неизвестен, около 300 стр.
Содержат разделы Частно-терапевтических лекций, вошедшие в издание «Практическая медицина»: «Слизетечения» и «Болезни нервные», однако рукопись не вполне идентична тексту опубликованных лекции и, очевидно, представляет один из вариантов работы И. Е. Дядьковского. (Рукопись хранится в Гос. центральной научной библиотеке Министерства здравоохранения СССР).