Осенью 1944 г. состоялось свидание В. Л. Комарова с главой правительства, Председателем Совета Народных Комиссаров СССР товарищем И. В. Сталиным. Об этом свидании Владимир Леонтьевич сам вкратце рассказал в статье под заглавием «Волнующая беседа» («Вестн. АН СССР», 1945, № 1-2, стр. 6—11). В. Л. Комаров, по его свидетельству, получил от И. В. Сталина ряд руководящих указаний относительно дальнейшей работы Академии Наук СССР.
В беседе с В. Л. Комаровым товарищ И. В. Сталин подчеркнул важность ряда задач, разрешение которых позволит поднять советскую науку на еще более высокую ступень. В. Л. Комаров поднял также вопрос о создании в системе Академии Наук Института истории естествознания. Товарищ Сталин выразил удивление, что такого института в Академии Наук еще нет, и добавил, что «это чрезвычайно важное дело. Молодежь в особенности должна знать историю науки». Кроме того, И. В. Сталин поручил Академии Наук СССР разработать мероприятия по снабжению научных учреждений всевозможным лабораторным оборудованием. Во время беседы было признано своевременным координировать деятельность академий наук союзных республик и обеспечить им помощь со стороны всесоюзных научных центров. В. Л. Комаров отмечает, что «это задача, вытекающая из самого существа ленинско-сталинской национальной политики, из характера нашего многонационального государства».
В соответствии с указаниями главы правительства 22 ноября 1944 г. Совет Народных Комиссаров СССР принял постановление об организации Института истории естествознания в системе Академии Наук СССР и назначил В. Л. Комарова директором этого института.
В 1945 г. Академии Наук СССР исполнялось 220 лет. Еще до празднования личного юбилея В. Л. Комарову пришла в голову мысль о своевременности организовать широкое торжество советской науки, связанное с юбилеем Академии Наук, с честью выдержавшей тяжелое испытание войны. Владимир Леонтьевич посоветовался с некоторыми своими старейшими коллегами — с академиками Н. Д. Зелинским, В. А. Обручевым, а также с членами Президиума Академии Наук СССР и решил войти с ходатайством в правительство Союза ССР о разрешении отпраздновать эту знаменательную дату. 21 января 1945 г. состоялось постановление СНК СССР о проведении празднования юбилея 220-летия Академии Наук СССР, причем В. Л. Комаров был назначен председателем созданного для организации этого празднования Всесоюзного комитета. Первоначально празднование предполагали провести в мае 1945 г., но позднее, в связи с победоносным окончанием Великой Отечественной войны, оно было перенесено на июнь.
Между тем в конце ноября 1944 г. В. Л. Комаров опять захворал. На протяжении зимы 1944/45 г. В. Л. Комаров чрезвычайно страдал от очередного обострения псориазиса. В начале марта он несколько оправился и энергично взялся за организацию празднования юбилея 220-летия Академии Наук. В апреле он отдыхал в Барвихе, а затем переехал к себе, на Николину гору. Заседания Всесоюзного юбилейного комитета, а их было не мало, происходили у него на даче. Впрочем, заместители его по комитету, академики В. П. Волгин, Н. Д. Зелинский и А. А. Байков, всячески старались разгружать его от лишних дел.
17 апреля В. Л. Комаров поместил в «Известиях» (№ 90 от 17/IV 1945 г.) статью под названием «Об озеленении наших городов». В ней он описывал разработанный Главным ботаническим садом в Москве проект озеленения городов Союза.
Дел, связанных с предстоящим празднованием юбилея 220-летия Академии Наук, было очень много. Научным учреждениям Советского Союза, а также иностранным ученым всех союзных стран было послано свыше 1500 приглашений. Одних персональных приглашений было 1113: советским ученым 967 и иностранным — 146. Кроме того были приглашены союзно-республиканские академии наук, вузы, научно-исследовательские институты и т. п. 54 приглашения получили зарубежные научные учреждения. При этом имел место следующий факт. Премьер-министр Великобритании Уинстон Черчилль не выпустил из Англии на юбилей Академии Наук СССР
семерых ученых-физиков, работавших по расщеплению атомного ядра, т. е. способствовавших созданию атомной бомбы. Этот инцидент вызвал в Англии взрыв общественного негодования и оживленно обсуждался в английском парламенте.
Вечером 15 июня В. Л. Комаров руководил первым приемом гостей в стенах Нескучного дворца, т. е. здания Президиума Академии Наук СССР.
В тот же день появилась статья В. Л. Комарова «Праздник советской науки» («Известия» от 15/VI 1945 г., № 140), в которой он осветил значение юбилея в мировой послевоенной науке.
16 июня днем в помещении Большого театра Союза ССР торжественным заседанием началось официальное празднование юбилея.
Следующее заседание юбилейной сессии состоялось вечером 17 июня в Колонном зале Дома союзов. Кроме научных докладов, были оглашены приветствия Академии Наук СССР от советских и иностранных научных учреждений.
В следующие дни участники сессии посещали соответствующие их специальностям отделения Академии Наук СССР и их институты. Они слушали секционные доклады и знакомились с выставками, организованными для юбилея. В. Л. Комаров в один из этих дней выезжал на прием, устроенный в честь прибывших ботаников и биологов в старейшем русском научном обществе — Московском обществе испытателей природы, основанном в 1805 г.
23 июня состоялось заседание Президиума Академии Наук, СССР при участии делегаций союзно-республиканских академий наук и ряда иностранных ученых.
Правительство Советского Союза с необычайным вниманием отнеслось к празднованию юбилея Академии Наук. 10 июня указом Президиума Верховного Совета СССР тринадцати академикам были присвоены звания Героев Социалистического Труда, а 1465 сотрудников Академии Наук СССР «за выдающиеся заслуги в развитии науки и техники в связи с 220-летием Академии Наук СССР» были награждены орденами и медалями Советского Союза. В. Л. Комаров по этому указу награжден третьим орденом Ленина.
24 июня 1945 г. участники юбилейных торжеств присутствовали на незабываемом историческом параде Победы на Красной площади. С глубоким волнением они смотрели, как проходили перед трибунами прославленные герои, громившие ненавистного врага под Москвой и Сталинградом, в Севастополе и Одессе, у Курской дуги, в Будапеште и Вене, в Кенигсберге и Берлине. В проходившей перед трибунами могучей военной технике, принесшей победу советским людям, — в грозных катюшах, в гигантских танках и пушках, в боевых самолетах и в нескончаемом потоке других боевых машин советские ученые, конструкторы и строители этой военной техники видели плоды и своего труда и с гордостью наблюдали то восхищение, которое она вызывала у иностранных гостей. Но наибольшее волнение и особую, непередаваемую радость вызвал финал парада, когда советские воины, пронеся перед трибунами в склоненном виде 200 фашистских военных знамен, в том числе и личный штандарт Гитлера, волоча их полотнищами по земле, с презрением свалили в кучу к подножию мавзолея, на трибуне которого находилось правительство СССР во главе с творцом победы — товарищем И. В. Сталиным.
После парада Победы все участники сессии переехали для продолжения юбилейных торжеств в Ленинград — колыбель Академии Наук. Именно в Ленинграде указом Петра I была основана Академия Наук. В Ленинграде же протекала ее деятельность, охватывавшая период времени от гениального М. В. Ломоносова до великого И. П. Павлова. Когда участники торжеств подъезжали к этому прекрасному городу, они видели из окон вагонов расстилавшиеся вокруг Ленинграда поля недавних сражений с фашистскими ордами. В самом городе они наблюдали следы зверских разрушений, причиненных ему артиллерийскими обстрелами и воздушными бомбежками. А когда многие из них позднее предприняли экскурсии в окрестности Ленинграда — Пушкино, Петродворец и Пулково, они увидели руины на месте художественных и архитектурных памятников мирового значения и пустое место там, где ранее высилась известная всему цивилизованному миру Пулковская обсерватория.
Торжественное заседание сессии, посвященное 220-летию Академии Наук, происходило 26 июня в Большом зале Государственной филармонии. Открывая его, В. Л. Комаров произнес небольшую речь, в которой сказал: «С особенным удовлетворением я приветствую юбилейную сессию Академии Наук СССР в городе Ленина, нераздельно связанном с историей нашего народа». Он напомнил о том, что Ленинград и Академия Наук — почти ровесники, что в Ленинграде рождалась наука и одновременно с нею революционная мысль. «Ленинград — город науки и культуры. В 1940 г. в Ленинграде было 57 высших учебных заведений и свыше 100 научно-исследовательских учреждений. Среди них: Пулковская обсерватория, Институт мозга, созданный Бехтеревым, Физико-технический институт, Физиологический институт имени академика И. П. Павлова. В Ленинграде свыше 60 музеев».
После выступления В. Л. Комарова заседание заслушало два научных доклада.
