Работы Тимирязева по истории естествознания составляют неотъемлемую часть его общей борьбы за материализм, против всех проявлений идеализма и реакции. Здесь так же, как и в других его трудах, проявляется его несгибаемая воля воинствующего материалиста, его исключительная целеустремленность и целостность его научных позиций, его неиссякаемый патриотизм и демократизм, его непримиримость к проявлениям шовинизма и национального нигилизма. Тимирязев показывает самостоятельность и величие русской науки, подчеркивая ее ведущую роль в ряде отраслей знания. Он разоблачает многочисленные случаи плагиата и присвоения реакционными учеными Запада приоритета русских ученых.
Однако, не овладев методом исторического материализма, Тимирязев не мог до конца верно решить вопрос о роли общественно-исторической практики в развитии научного познания. При всем том он стоит неизмеримо выше буржуазных историков науки и делает весьма значительные успехи в понимании закономерностей развития естествознания. Он указывает, что естественные науки обязаны своим происхождением технике, земледелию и медицине. В его трудах история естествознания предстает перед читателем как история борьбы подлинной, материалистической науки с идеалистическими пережитками в ней. В свою очередь борьба материализма с идеализмом в естествознании рассматривается им как отражение борьбы между прогрессивными и реакционными силами общества.
Тимирязев указывает на упадок буржуазной науки и культуры в эпоху империализма. Он говорит о явных признаках «регресса, упадка научного мышлен и я, как частного проявления общего реакционного поворота, отметившего конец прошлого и начало нового века».
Тимирязев видит прямую связь реакционных течений в науке с общественно-политической реакцией, характерной ддя эпохи империализма. Тимирязев понимает, что буржуазная наука в конце XIX—начале XX в. зашла в тупик. Загнивание, кризис буржуазного естествознания он видит в расцвете витализма, менделизма, интуитивизма, субъективного идеализма и других реакционных и явно антинаучных направлений. Против всех этих проявлений маразма и разложения буржуазной науки Тимирязев ведет страстную, непримиримую борьбу.
Не говоря уже о специально полемических работах, Тимирязев даже в статьях для Энциклопедического словаря не ограничивается простым изложением своих взглядов, но дает решительную критику реакционных идеалистических направлений в науке. «Борьба с этими противниками современной науки и их явными и тайными сторонниками, — говорит Тимирязев, — составляет одну из очередных задач современной науки».
Указывая на задачи науки и достигнутые ею успехи, Тимирязев возражает против попыток оставить место вере путем ограничения прав естествознания. Он считает это возвратом к средневековью, к Фоме Аквинскому, который учил: «Где кончается область науки, начинается область веры». Тимирязев показывает, что противники науки «нередко принимают на себя ее личину», чтобы вести под нею свою реакционную, антинаучную деятельность.
По глубокому убеждению Тимирязева, только наука способна давать правильное объяснение окружающей действительности, разгадывать все новые и новые «загадки природы». Он борется против попытки сведения роли науки к простому описанию явлений природы, показывая, что ее задача — вскрыть закономерности природы и управлять ими в интересах народа.
Тимирязев не терпит в науке бесстрастного, сухого, академического тона. «Наличность известного рода страстности, — пишет Тимирязев, — нисколько не вредит интересам науки, и, наоборот, я полагаю, что всевозможные: „с одной стороны нельзя не сознаться, а с другой стороны должно признаться", очень полезные в житейском смысле, к науке никакого отношения не имеют... без страстного, живого, горячего отношения, без увлечения исследователя своим предметом, едва ли увидело бы свет хоть одно существенное завоевание науки. Напрасно смешивают бесстрастие с беспристрастием. Не олимпийское бесстрастие „бессмертного", а простая человеческая честность — вот что необходимо в науке, как и во всякой другой человеческой деятельности». Именно это страстное желание бороться за истину, простая человеческая честность и вела неудержимо Тимирязева к пролетариату — классу, который один только в условиях капитализма заинтересован в том, чтобы до конца последовательно и честно бороться за раскрытие объективной истины.
Связывая кризис буржуазной науки с общим загниванием капиталистического строя, с борьбой буржуазии против креп-нуших сил социализма, Тимирязев вместе с тем утверждает, что подлинная наука может и должна служить нуждам трудящихся, ибо только рабочие и крестьяне являются той силон, которая создает материальные условия для развития науки. Приветствуя организацию первого рабфака в Москве в 1919 г., он писал: «Рабочий станет действительной разумной творческой силой, когда его пониманию станут доступны главнейшие завоевания науки, а наука получит прочную верную опору, когда ее судьба будет в руках самих просвещенных народов, а не царей и пресмыкающихся перед ними холопов, хотя бы они величали себя министрами просвещения, академиками, профессорами».