В г. Харькове долгие годы жил и трудился часовой мастер Яков Петрович Данилевский. По сохранившимся воспоминаниям, это был человек пытливого ума и кипучей энергии. У его родственников хранятся сконструированные им часы, снабженные различными замысловатыми механизмами. Часы эти вполне исправно работают и сейчас. Любовь к технике толкала Якова Петровича на изобретательство и в других областях. Его дочь, Антонина Яковлевна Данилевская-Александрович, вспоминает, что он затратил много сил на проектирование снегоочистителя для Курск-Харьков-Севастопольской железной дороги. Строительство этой дороги осуществлялось на глазах Я. П. Данилевского. Проект его снегоочистителя был похоронен в канцеляриях Министерства путей сообщения.
Якова Петровича интересовали не только технические изобретения и усовершенствования. Доподлинно известно, что он затратил часть своих скудных средств на экспедиции по ряду районов Курской и Орловской губерний. Эти экспедиции увенчались открытием залежей железной руды в Ливенском уезде Орловской губернии и в прилегающих уездах Курской губернии. Химическую природу сделанных им находок Яков Петрович установил в крошечной лаборатории, ютившейся в одном из уголков его тесной квартиры. В этой лаборатории Я. П. Данилевский занимался не только химией и минералогией, но и фотографией. Последняя стала в конце концов основным источником существования его семьи. А семья у Якова Петровича и его супруги Елены Степановны была немалая. В 1839 г. у них родился первенец Александр. В 1860 г. родился седьмой ребенок — младшая дочь Антонина, ныне здравствующая. По тогдашним временам Яков Петрович не мог дать высшего образования своим трем дочерям. Зато четыре его сына, преодолев вместе с родителями ряд тяжелых препятствий, закончили высшие учебные заведения. Все они стали врачами, а трое из них — Александр, Василий и Константин — заняли видное место в отечественной и мировой науке. Как и отец, они проявили огромное трудолюбие, многообразные интересы, любовь к техническим изобретениям, которые использовали в своей работе.
Наиболее многосторонней была деятельность Константина Яковлевича. Он начал ее в качестве врача-физиотерапевта и электрофизиолога, а продолжил, работая над усовершенствованием летательных приборов, пропиткой кож металлами и другими изобретениями. Старший из братьев, Александр Яковлевич, сосредоточил свое внимание на проблемах биологической химии, и его справедливо называют основоположником этой науки в России. Александр Яковлевич сделал важнейшие открытия в деле изучения природы белков и ферментов.
Василий Яковлевич Данилевский родился 1 (14) января 1852 г. Мы мало знаем о его раннем детстве. Сам он считал, что в формировании его личности большую роль сыграло влияние отца. Настойчивость и энергия в преодолении препятствий на пути к достижению поставленной цели, по его собственному признанию, были унаследованы им от отца.
О большой любознательности и смелости, которые в детстве проявлял Василий Яковлевич, свидетельствует письмо его университетского руководителя проф. И. П. Щелкова к председателю комитета по устройству XII археологического съезда в Харькове. И. П. Щелков приводит в этом письме сведения о сложной сети катакомб под центральной частью Харькова, полученные в значительной части от В. Я. Данилевского, который, будучи мальчиком, проникал и далеко заходил во многие из этих подземелий.
Большую настойчивость Василий Яковлевич проявил уже при поступлении в 1862 г. во Вторую харьковскую гимназию. Он успешно сдал экзамены во второй класс, однако по годам его можно было принять только в первый класс. Мальчик проявил большую энергию и настойчивость и добился, чтобы вопрос о классе был решен на основании его знаний, а не возраста.
В Харькове В. Я. Данилевский проучился только два года. Бедность отца и теснота в маленькой квартире, где к этому времени было еще трое младших детей, привели к тому, что он переселился к своему старшему брату, Александру Яковлевичу, который уже был в то время профессором медицинской химии и физики Казанского университета. Александр Яковлевич оказал большое влияние на формирование характера В. Я. Данилевского.
В 1864 г. Василий Яковлевич был принят в четвертый класс Второй казанской гимназии. В 1866 г., когда он был в пятом классе, наступил кратковременный период значительного улучшения гимназического преподавания. Древние языки были вытеснены естественными науками и математикой, которые наиболее привлекали одаренного мальчика. Он, следуя примеру отца, устроил у себя дома химическую лабораторию, а с седьмого класса начал заниматься высшей математикой. Интерес к физике, химии и математике не был минутным увлечением Василия Яковлевича, он сохранился на всю жизнь и сыграл большую роль в его научном творчестве. В. Я. Данилевский уделял большое внимание также биологии, общественным наукам и философии. Еще в гимназии он познакомился с учением Ч. Дарвина и с увлечением читал классические работы передовых русских революционных демократов Д. И. Писарева и Н. Г. Чернышевского. Развитию этих интересов способствовали молодые учителя гимназии. Они снабжали учеников книгами, беседовали с ними по вопросам естествознания и общественных наук. Нередко при этом преподаватели не только выходили за пределы казенной, хотя и несколько улучшенной программы, но прямо расходились с ней. Развитию Данилевского-гимназиста содействовало также общение с бывавшими у брата прогрессивными профессорами Казанского университета А. М. Бутлеровым, Н. П. Вагнером, В. Г. Имшенецким, А. И. Якобием и другими.
Уделяя много времени внепрограммным занятиям, Василий Яковлевич вместе с тем блестяще овладевал всеми предметами гимназического курса. В 1868 г. он окончил гимназию с золотой медалью.
Для поступления в Казанский университет будущий ученый оказался слишком молодым. Он не был принят в число студентов медицинского факультета, куда стремился поступить, так как ему еще не исполнилось необходимых для этого 17 лет.
В. Я. Данилевский решил использовать этот год для пополнения своих знаний. Избравший уже тогда своей специальностью физиологию, Василий Яковлевич считал, что физиолог должен лучше других врачей ориентироваться в вопросах физики и математики. Поэтому, следуя совету старшего брата, он поступил вольнослушателем на математическое отделение физико-математического факультета Казанского университета. Будучи в 1869 г. зачисленным на первый курс медицинского факультета, Василий Яковлевич продолжал параллельно слушать на математическом отделении лекции для второго курса. Особенно он увлекался механикой, которую читал проф. П. И. Котельников, и астрономией (проф. М. А. Ковальский).
За год пребывания на медицинском факультете Василий Яковлевич приобрел серьезные теоретические знания. Ему посчастливилось прослушать курс и отработать практические занятия по нормальной анатомии у П. Ф. Лесгафта, который блестяще поставил преподавание своего предмета. Кафедрой физиологии, наиболее привлекавшей будущего выдающегося представителя этой науки, руководил замечательный русский ученый-экспериментатор Н. О. Ковалевский. Есть все основания предполагать, что интерес к вопросам регуляции головным мозгом кровообращения и дыхания, которыми В. Я. Данилевский творчески занимался впоследствии, сложился у него не без влияния этого ученого. Нельзя забывать, что Н. О. Ковалевский к концу шестидесятых годов успел сделать уже очень много для установления рефлекторных связей между дыхательной и сердечно-сосудистой системами. Руководителем В. Я. Данилевского по аналитической химии был А. М. Бутлеров. Следует отметить, что преподавание всех этих предметов в Казанском университете в конце шестидесятых годов характеризовалось не только блестящими лекциями, но и образцовой по тому времени постановкой демонстраций и практических работ.
Наряду с занятиями на медицинском факультете и частично на математическом отделении физико-математического факультета энергичный и пытливый студент успел в течение двух лет пребывания в Казанском университете прослушать еще курс истории философии у проф. Троицкого и курс зоологии у Н. П. Вагнера.
Можно с полным правом сказать, что последние годы обучения в казанской гимназии и пребывание в Казанском университете имели решающее значение для формирования личности В. Я. Данилевского. Большую роль играло также участие его в полулегальной студенческой общественной библиотеке, членом совета которой он являлся. Здесь создавались кружки, изучавшие общественные и философские вопросы. Эта самообразовательная работа несомненно носила прогрессивный характер, хотя мировоззрение членов этих кружков еще не могло подняться до уровня последовательного революционного материализма и демократизма. Здесь тайно от университетского начальства и полипии изучались труды Герцена, Чернышевского, Добролюбова, однако наряду с этим читались и сочинения анархиста Бакунина. Философские взгляды В. Я. Данилевского и его товарищей некоторое время развивались под влиянием позитивиста О. Конта и вульгарных материалистов Бюхнера, Фогта и Молешотта.
Старший брат В. Я. Данилевского принадлежал к передовой группе молодых профессоров Казанского университета. Эта группа резко критиковала непорядки в академической жизни, являвшиеся результатом вмешательства попечителя Шестакова. Во главе оппозиционных профессоров стоял крупнейший анатом того времени П. Ф. Лесгафт. Когда попечитель в 1871 г. добился отставки этого ученого, вместе с ним подали в отставку профессора А. Я. Данилевский, А. И. Якобий (гигиенист), Н. А. Головкинский (геолог), В. Г. Имшенецкий (математик) и другие. А. Я. Данилевский должен был покинуть Казань. Долгое время он не мог найти себе работы в высшем учебном заведении. Только в 1885 г. ему поручили заведование кафедрой в Харьковском университете.
Осенью 1870 г. В. Я. Данилевский был переведен на второй курс медицинского факультета Харьковского университета, так как в связи с предстоящим отъездом брата он не мог оставаться в Казани. Вся его дальнейшая жизнь и работа связаны с Харьковом.
Условия для занятий в то время в Харьковском университете были значительно хуже, чем в Казанском, так как помещения были не приспособлены для демонстраций во время лекций. Вместе с тем в Харькове не было такого тесного контакта между профессорами и студентами, как в Казани. С другой стороны, к этому времени медицинский факультет имел в своем составе ряд крупных, прогрессивно настроенных профессоров. На первом месте среди них стояли И. П. Щелков, В. Ф. Грубе (хирург), А. И. Якобий (перешедший из Казани), В. П. Крылов (патологоанатом), З. И. Стрельцов (эмбриолог), И. П. Лазаревич (акушер), В. Г. Лапткевич (терапевт), знаменитый врач-гуманист Л. Л. Гиршмак (офтальмолог).