Изменения учебного плана должны были, по его мнению, состоять в увеличении курса до 6 лет, улучшении преподавания гистологии, химии, бактериологии, диагностики, гигиены, ларингологии, проведении занятий в пропедевтических клиниках по внутренним болезням и хирургии. При этом должны быть введены обязательные практикумы по зоологии, ботанике, физиологии, физике и усилены практикумы по микроскопии, аналитической химии, гигиене; необходим также, хотя бы факультативно, курс физической химии. Только часть этих предложений В. Я. Данилевскому удалось реализовать в новом учебном заведении. На пути реализации программы, намеченной первым директором института, стояли три препятствия. Первое и основное заключалось в том, что в условиях самодержавного режима вообще не могло существовать учебного заведения, соответствовавшего его идеалу. Оба остальные являлись следствием первого. Это было, во-первых, противоречие между стремлением предоставить возможность учиться всем, у кого есть желание и способности, и необходимостью взимать плату за учение, от размеров которой зависело качество и количество материального оснащения учебной и научной работы. Во-вторых, по мере укрепления института в нем стало накопляться все больше реакционных университетских преподавателей, чинивших препятствия директору в его прогрессивных начинаниях.
Несмотря на это, качество учебного процесса в Женском медицинском институте стояло на гораздо большей высоте, чем на медицинском факультете университета. Особенно хорошо оно было поставлено на кафедре физиологии и на кафедре анатомии. Последнюю возглавлял молодой талантливый ученый В. П. Воробьев, не допущенный министерством к заведованию кафедрой в университете. В конце 1912 г. В. Я. Данилевский, несмотря на просьбы председателя X. М. О. Е. П. Браунштейна и наиболее прогрессивных преподавателей института, оставляет пост директора и сосредоточивает свои силы на руководстве кафедрой. При этом он концентрирует внимание на постановке учебного процесса и подготовке молодых преподавательских кадров (Я. И. Периханянц и Е. К. Приходькова).
В этот период Василий Яковлевич завершает труд, начатый еще в восьмидесятых годах прошлого столетия, — создание полноценного оригинального руководства по физиологии. В течение 1913—1915 гг. в Москве в издательстве Сытина выходят два тома (три книги, объемом 1635 страниц) этого капитального труда. Ниже нам придется вернуться к ряду разбиравшихся в нем вопросов. Сейчас мы отметим, что это был первый учебник, в котором органически, а не в виде сравнительно-физиологических добавлений проводилась идея исторического развития жизненных функций на основе единства организма с окружающей средой. Как высшее проявление этой эволюции рассматривалась роль коры головного мозга во всей жизнедеятельности млекопитающих и в связи с этим излагалось учение И. П. Павлова об условных рефлексах. К сожалению, сделано это было недостаточно полно и последовательно. По этому руководству и его сокращенным изданиям учились студенты медики и биологи в течение ряда лет после 1917 г.
В 1917 г. из стен Харьковского университета были удалены черносотенные преподаватели, в первую очередь «профессора по назначению». Среди них был и Черевков, разваливавший кафедру физиологии в течение почти десятилетия. Двери кафедры снова открылись для ее законного руководителя — В. Я. Данилевского. Он застал там почти полностью непригодное оборудование и истосковавшегося по настоящей работе прозектора И. П. Михайловского. «Когда я в 1917 г., — вспоминал впоследствии Василий Яковлевич, — снова пришел на кафедру, лаборатория была дезорганизована. Обстановка была тяжелая. Помню, с каким трудом разворачивали мы работу. Но огромное желание работать дало возможность восстановить кафедру, создать новые кадры работников» (1935, 1, стр. 67).
Период 1917—1919 гг. в Харькове не благоприятствовал осуществлению этого желания. Для обеспечения преподавания приходилось разрушенное Черевковым оборудование заменять аппаратурой из созданной в то же время в Женском медицинском институте трудами профессора и сотрудников его лаборатории. Только окончательное изгнание белогвардейцев из этого города в конце 1919 г. обеспечило систематическую работу по восстановлению и реорганизации учебной и научной рааоты в его высших учебных заведениях, создание новых учебных и научных институтов. Огромное внимание советского правительства к развитию науки сказалось и в исключительной заботе об ученых. Особенно большой заботой были окружены крупнейшие деятели науки.
24 января 1921 г. Совет Народных Комиссаров РСФСР принял подписанное В. И. Лениным постановление, предусматривавшее создание всех условий, необходимых для работы И. П. Павлова. Вслед за этим, 16 апреля 1921 г. Совет Народных Комиссаров УССР издал постановление о всестороннем обеспечении проф. В. Я. Данилевского, что должно было способствовать дальнейшему продолжению его работ.
Василий Яковлевич с новой энергией развернул свою деятельность. Наконец он получил возможность для широкого осуществления так долго вынашивавшихся им планов научной, педагогической и культурно-просветительной деятельности на пользу всего народа, планов внедрения научных достижений в практику борьбы за физическое и духовное процветание трудящихся масс.
Работа Василия Яковлевича выходит далеко за пределы возглавляемой им кафедры физиологии Харьковского медицинского института, образованного путем слияния медицинского факультета университета и Женского медицинского института. Он активно участвует в деятельности Научного комитета Народного Комиссариата Просвещения УССР и Ученого совета Народного Комиссариата Здравоохранения УССР. Передовой ученый энергично борется за осуществление ряда проектов, добиваясь все большего улучшения подготовки медицинских кадров и развития советской медицинской науки. Он критикует, не взирая на лица, действия и предложения, которые, по его убеждению, не обеспечивают достаточного решения этих задач.
В 1921 г. он активно участвует в Совете по рассмотрению проекта реформы медицинского образования. Здесь сталкиваются два проекта: один из них исходил из Главного управления профессионального образования Наркомпроса УССР, второй был выработан группой профессоров во главе с крупнейшими учеными Н. Д. Стражеско и В. П. Филатовым. Первый проект являлся воплощением узкого практицизма. Он предусматривал сокращение срока обучения до четырех лет за счет резкого уменьшения объема преподавания и частичной ликвидации теоретических дисциплин. Второй проект был близок к предложениям об изменении учебных планов, которые Василий Яковлевич выдвигал еще в 1912 г. Проект этот исходил из того, что будущий врач должен получить хорошую теоретическую подготовку и этим обеспечить более глубокое и активное усвоение клинических дисциплин. В проекте предлагалось увеличить срок обучения до 6 лет и предусматривалось расширение преподавания таких дисциплин, как физическая химия, увеличение работы студентов у постели больного в клиниках, создание клиники инфекционных болезней. В. Я. Данилевский, конечно, энергично поддержал второй проект.
В дальнейшем он резко протестует против введения бригадно-лабораторного метода преподавания в высших учебных заведениях. Уже отойдя от работы на кафедре, престарелый ученый-педагог с большим удовлетворением встретил постановление Центрального Исполнительного Комитета Союза ССР от 19 сентября 1932 г. «Об учебных программах и режиме в высшей школе и техникумах». В законодательном порядке оно проводило в жизнь очень многое из того, к чему он стремился еще в период создания Женского медицинского института, а также во время работы в комиссиях Наркомпроса. В этом постановлении указывалось на нецелесообразность применения бригадно-лабораторного метода.
Наряду с вопросом о подготовке советских врачей В. Я. Данилевский занимался вопросом о повышении их квалификации после окончания института. В 1921 г. он опубликовал свой проект института для усовершенствования врачей (1921, 1, стр. 416).
Постепенно кафедра физиологии Харьковского медицинского института развивается в крупную учебную и научно-исследовательскую единицу. Она снабжается аппаратурой, несравненно более богатой и совершенной, чем та, которую оставил в 1909 г. В. Я. Данилевский на кафедре медицинского факультета. Практические занятия обставляются гораздо лучше, чем это было достигнуто в Женском медицинском институте. Василий Яковлевич обеспечивает преподавание на своей кафедре и в других институтах своим новым большим учебником, три книги которого были напечатаны в 1913—1915 г. В несколько сокращенном, но дополненном новыми данными виде этот учебник переиздавался в 1923 и 1929 гг. на русском и в 1926 г. на украинском языках.
По мере того как все более обеспечивается преподавание физиологии в Медицинском институте, Василий Яковлевич все больше концентрирует внимание на научной работе. Условия ее осуществления вскоре выходят далеко за пределы тех возможностей, которыми он располагал до победы Великой Октябрьской социалистической революции.
В 1926 г. выдающегося советского ученого избирают действительным членом Академии наук УССР. В том же году Правительство УССР присваивает ему почетное звание заслуженного деятеля науки. В. Я. Данилевский решает целиком посвятить себя научной работе и оставить руководство кафедрой. Здесь ему приходится проявить свою прежнюю настойчивость, чтобы убедить руководство института в целесообразности своего решения. Он выдвигает вместо себя достойного заместителя — долголетнего сотрудника И. П. Павлова проф. Юрия Владимировича Фольборта.
С конца 1926 г. В. Я. Данилевский сосредоточил всю свою деятельность в учреждении, носящем в настоящее время название Украинского института экспериментальной эндокринологии. Такая концентрация сил ученого, полного кипучей энергии, несмотря на то, что ему уже было 74 года, естественно вытекала из развития его научных интересов и связанной с ними организационной инициативы и деятельности. Еще в ноябре 1919 г. Василий Яковлевич обратился в Харьковское медицинское общество с проектом организации Органо-терапевтического института с экспериментально-биологическим отделением. Институт должен был по этому проекту проводить научно-исследовательскую работу и организовать производство органо-терапевтических препаратов. Предложение было принято. Директором был избран В. Я. Данилевский. Однако до 1922 г. вся деятельность нового учреждения ограничивалась производством тестикулярной вытяжки. Только с окончанием гражданской войны и вступлением страны в восстановительный период начала развертываться научная работа, связанная с производством новых органо-терапевтических препаратов по методу, разработанному В. Я. Данилевским. Ближайшими сотрудниками Василия Яковлевича в этом деле были Я. И. Периханянц, Е. К. Приходькова и 3. Е. Щавинская. Институт стал одним из отделов Санитарно-бактериологического института Медицинского общества. Экспериментальная работа проводилась в физиологической лаборатории Медицинского института.
Расширение работы требовало превращения возглавляемого В. Я. Данилевским учреждения в самостоятельный институт. В августе 1926 г. В. Я. Данилевский сделал доклад на пленуме Медицинского общества о его реорганизации со значительным расширением прежней деятельности и учреждением собственной клиники. В марте 1927 г. Совнарком УССР утвердил устав Украинского органо-терапевтического института. Его первым директором был назначен акад. В. Я. Данилевский. Уже через три года институт стал мощным научно-исследовательским, лечебным и производственным учреждением с прекрасно оборудованной эндокринологической клиникой и филиалами в Киеве, Одессе и Чернигове. Его научный и производственные секторы помещались в новом, специально по последнему слову техники выстроенном здании. Он был переименован во Всеукраинский институт эндокринологии и органотерапии.
Василий Яковлевич передал своему институту полученный им патент на изготовление эндокринных препаратов. Вскоре продукция института заняла почетное место среди медикаментов, которыми пользуются лечебные учреждения всего Советского Союза. Нельзя не отметить, что в основе разработанного акад. В. Я. Данилевским метода лежала возникшая у него еще в студенческие годы идея о высокой физиологической активности безбелковых вытяжек из различных органов животных.
Василий Яковлевич, выполнив огромную работу по организации этого института, сосредоточил теперь все свое внимание на его научной работе и дальнейшем совершенствовании методики изготовления эндокринных препаратов. В связи с этим он был освобожден от должности директора и принял на себя непосредственное руководство научно-исследовательским сектором, которое и осуществлял до последних дней своей жизни.
