Самообразование, которым он занимался вне гимназических стен, было главным путем его развития.
Уже в его первых ботанических исследованиях выступают с полной ясностью некоторые черты особого дарования: зоркий и острый глаз, чрезвычайная наблюдательность, уменье возвыситься над простой регистрацией природных явлений до общих теоретических идей. Об остром глазе его свидетельствовали сделанные им в тот период прекрасные находки растений. Так, в пределах исконно лесной области он нашел несколько южных степных форм: шалфей мутовчатый (Salvia verticillata L.), коровяк фиолетовый (Verbascum phoeniceum L.) и коротконожку (Brachypodium pinnatum P. В.), а также солончаковый торичник (Spergularia media Presl.). Наблюдательность позволила ему констатировать вторичный характер многих растительных группировок, создавшихся под влиянием хозяйственной деятельности человека, издавна заселившего Новгородскую губернию. Что же касается общих теоретических идей, то даже в кратком, протокольном изложении автора они выступают с поразительной ясностью. Комаров устанавливает первоначальный, докультурный ландшафт елового леса, покрывавшего «до восьми десятых всей площади», делит территорию Новгородской губернии на два округа, «согласно преобладанию еловых лесов или же культурных земель и растительности, возникшей под влиянием деятельности человека», сообщает о методе полных формационных списков, оказавшемся почти единственно удобным для наблюдений «над изменениями в группировках растительности и систематическом составе различных формаций». Недаром по его студенческому докладу «возникли продолжительные прения», в которых приняли участие корифеи тогдашней ботаники: С. И. Коржинский, И. П. Бородин, X. Я. Гоби, В. А. Траншель, Г. И. Танфильев и др.
На его портрете, относящемся к этому времени, мы видим худощавого юношу, отправляющегося в свою обычную пешеходную экскурсию с толстой папкой, наполненной бумагой для сбора растений.
В 1890 г. Владимир Леонтьевич окончил гимназию. Неизвестно, какой род деятельности предназначала ему семья
Виссариона Виссарионовича Комарова, но он позднее вспоминал, что, когда выразил твердое намерение итти по естественноисторическим дисциплинам, члены этой семьи предсказали ему, что он «умрет в нищете». Даже проректор университета, принимавший студентов, узнав, что В. Л. Комаров, сын военного, собирается стать естественником, укоризненно заметил ему, что он «обрекает себя на голодную смерть». Осенью 1890 г. В. Л. Комаров был принят на естественно-исторический разряд физико-математического факультета Петербургского университета, так как специальных биологических факультетов в то время в университетах не было.
