В упомянутой автобиографической записке В. Л. Комаров со свойственным ему лаконизмом в следующих выражениях пишет о годах своего пребывания в университете: «На пороге университетской жизни я очень увлекался дарвинизмом и даже перевел весь том о происхождении видов. К сожалению, позднее, в минуту острой самокритики, я эту рукопись сжег и не могу теперь сравнить свой перевод с другими. В университете, в первые два года, я со всем увлечением отдался работе в кружках, где изучались труды К. Маркса, и обратился к изучению трудов Ф. Энгельса, который, поразив меня ясностью и последовательностью своего учения, совершенно затмил в моем сознании наших народников и даже Плеханова».
Работа в университетских марксистских кружках привлекла к Комарову внимание полицейских органов. В его автобиографической записке есть следующие строки: «По окончании университета я оказался под опекой судебной палаты и лишенным права выезда. По плохому здоровью я был освобожден от военной службы, и надо было искать постоянного заработка, а между тем всюду требовалось пресловутое «свидетельство о благонадежности», которого я как подследственный получить не мог. Да и самая служба не привлекала, и я через Географическое общество прикомандировался к изысканиям Амурской железной дороги. Около полугода пришлось потратить на хлопоты в департаменте полиции, чтобы получить разрешение на выезд в Амурскую и Приморскую области. Помогло то обстоятельство, что Амурская дорога считалась важным государственным делом, а желающих ехать в столь отдаленный край было немного».
Остановимся более подробно на некоторых фактах, относящихся к периоду пребывания Комарова в университете.
Петербургский университет в 90-х годах обладал выдающимся профессорским составом. Владимир Леонтьевич застал на факультете великого русского почвоведа В. В. Докучаева, химика Н. А. Меншуткина, эмбриолога и одного из первых русских дарвинистов А. О. Ковалевского, физиолога Н. Е. Введенского, географа Э. Ю. Петри и др. Затем появились новые профессора: химик А. Е. Фаворский, зоолог В. М. Щимкевич.
Очень большое влияние оказали на В. Л. Комарова проф. П. Ф. Лесгафт, убежденный материалист, читавший курс анатомии человека, а также А. Н. Бекетов (1825—1902), возглавлявший кафедру ботаники в университете с 1861 г. Напомним попутно, что о руководстве последнего кафедрой ботаники очень тепло отзывался К. А. Тимирязев.
Андрей Николаевич Бекетов был замечательным ботаником, автором первой русской «Географии растений» (1896) и выдающимся общественным деятелем. В течение ряда лет (1876—1883) он был деканом физико-математического факультета, а затем ректором Петербургского университета. В. Л. Комаров с глубоким вниманием слушал его курс ботанической географии, в котором этот профессор увлекал своих слушателей картинами растительных ландшафтов. Анатомию растений читал в то время И. П. Бородин, впоследствии академик, а физиологию растений — академик А. С. Фаминцын; на кафедре недолгое время преподавали также С. Г. Навашин и С. И. Ростовцев.
А. Н. Бекетов чрезвычайно внимательно и любовно относился к студенческой молодежи; вокруг него группировался руководимый им кружок «маленьких ботаников» — маленьких по возрасту, но не по способностям и перспективам. В. Л. Комаров сделался душой этого кружка. В 80-х годах в кружок входили такие молодые ботаники, позднее приобретшие широкую научную известность, как А. Н. Краснов, Н. И. Кузнецов, Г. И. Танфильев и др.
К концу пребывания Комарова в университете ведущая роль на кафедре ботаники начала переходить от Бекетова к профессору X. Я. Гоби. Гоби был солидный ученый, но лекции читал настолько сухо и скучно, что злые языки называли преподаваемую им дисциплину не ботаникой, а «гобистикой».
В то время в университете материалистическое направление было представлено П. Ф. Лесгафтом, ботаники же А. С. Фаминцын и И. П. Бородин были виталистами, проповедовавшими особую природу жизни, не познаваемую обычными естественнонаучными методами. Владимир Леонтьевич, как явствует из его автобиографической записки, с самого же начала, «на пороге университетской жизни», стал на позиции эволюционного учения Дарвина. Отчасти на этой почве он чрезвычайно подружился с П. Ф. Лесгафтом, сыгравшим значительную роль в его дальнейшем развитии. В 1902 г., вспоминая в одной из речей об этом периоде, Комаров отметил, что в те годы «всколыхнулась в науке струя витализма», которому следует противопоставить безграничную возможность познания любых явлений, ибо «чего мы не знаем, то мы будем знать». На формирование его материалистического мировоззрения, как позднее он указывал, оказали большое влия ние успехи физиологии. «Я сам хорошо помню,— писал он на склоне лет,— какое большое значение имели для меня в возрасте семнадцати лет выкладки Молешотта относительно того, как быстро молекулы нашего тела выводятся из организма в процессе обмена и заменяются новыми, заимствованными из веществ пищи».
В годы студенчества не менее успешно шло и приобретение В. Л. Комаровым научного опыта. В 1891 г., будучи студентом первого курса, он продолжает свои исследования Новгородской губернии и путешествует в Старорусском уезде. А летом 1892 г. он, 23-летний юноша, студент второго курса, уже предпринимает первое дальнее путешествие, явившееся началом многих других...
Еще студентом-первокурсником В. Л. Комаров стал действительным членом Русского географического общества и Петербургского общества естествоиспытателей — двух наиболее известных научно-общественных организаций Петербурга. На средства и по поручению Общества естествоиспытателей он в 1892 г. предпринимает большое путешествие в Среднюю Азию для изучения горных районов бассейна р. Зеравшан, т. е. систем Зеравшанского, Гиссарского и отчасти Туркестанского хребтов. Все путешествие, не считая времени, потраченного на дорогу из Петербурга и обратно, продолжалось с 21 мая по 20 сентября и было посвящено детальному изучению северных склонов Гиссарского и Туркестанского хребтов.
В 1893 г. это путешествие было продолжено, причем В. Л. Комаров посетил знаменитые «овринги» — горные тропы по карнизам рек Фан-Дарьи и Ягноба, и поныне известные своей малой доступностью. Осенью же, спустившись с гор к западу, с 16 сентября по 14 октября 1893 г. В. Л. Комаров прошел свыше 400 км по пустыне Кара-кум, от колодца Шиих до уроч. Мирза-чирле, причем произвел в этом пути тщательную барометрическую нивелировку трех профилей сухого русла Ун-гуза, составлявшего, по мнению западноевропейских географов, дно проблематической Закаспийской впадины. Ему удалось доказать ошибочность взглядов Лессара, утверждавшего, что эта впадина расположена ниже уровня Каспийского моря. За эту работу молодому исследователю была присуждена первая научная награда — серебряная медаль Русского географического общества.
Трудно назвать первую работу какого-либо исследователя, в которой бы с такой исчерпывающей полнотой были выражены все основные достоинства, присущие истинному натуралисту.
Первым из них следует считать свойственный В. Л. Комарову бесперебойный и энергичный темп обработки научных материалов, собранных в путешествии. В течение всей своей жизни В. Л. Комаров не допускал больших перерывов между полевыми исследованиями и обработкой и публикацией материалов. К сожалению, такие перерывы допускали и допускают очень многие исследователи как старого, так и нынешнего поколений.