Далее путешественники направились по долинам и через перевалы к г. Мукдену, т. е. перешли в бассейн р. Ляо-хе; следуя через города и поселки долины Ляо-хе, они 27 сентября достигли Мукдена. Выйдя из последнего 2 октября, экспедиция направилась к г. Гирину. 9 октября была пройдена долина р. Чин-хо, и В. Л. Комаров вступил в бассейн р. Сунгари, уже знакомый ему по путешествию предыдущего года. В Гирин прибыли 23 октября, почти на два месяца позднее, чем в прошлом году. В связи с глубокой осенью, естественно, никаких сборов уже не производили. Возвращались из Ги-рина тем же путем, что и в 1896 г., причем в Ново-Киевское прибыли 13 ноября.
Позднее В. Л. Комаров писал: «Всего за три лета в моем распоряжении было тринадцать рабочих месяцев, в течение которых можно было коллектировать, и два с половиной месяца осеннего пути, когда приходилось ограничиваться только немногими записями тех замерзших уже растений, которые все-таки можно было признать за определенные виды».
В бытовом отношении эти путешествия прошли благополучно. Все же были и отдельные неудачи. Разваливались двуколки. Одна из лошадей сломала ногу, и ее пришлось пристрелить. На плато Пей-шань солдаты на краю обрыва привязали лошадей на ночь на длинных веревках; две лошади ночью свалились в обрыв и удушились на веревках.
Корейским путешествием закончились первые восточно-азиатские исследования В. Л. Комарова. Проделав в четвертый раз длинный морской путь, он зимою 1897 г. возвратился в Петербург.
Основные, чисто ботанические итоги этих путешествий он позднее охарактеризовал в следующих выражениях: «Мои собственные коллекции также вошли в состав японо-китайского гербария Ботанического сада. Всего мною собрано и обработано 1270 видов и подвидов сосудистых растений, в том числе около 50 [на самом деле 84] новостей и несколько [на самом деле много] таких, к описанию которых пришлось сделать существенные дополнения».
Выполненные В. Л. Комаровым в 1895—1897 гг. исследования наложили отпечаток на всю его научную деятельность. Дальний Восток, а впоследствии вся восточная Азия до последних дней его жизни оставались основным плацдармом его научных интересов. Все его дальнейшие исследования в известной мере касались этой замечательной страны, с новых сторон подводили к ее всестороннему и углубленному изучению.
Когда В. Л. Комаров вернулся из трехлетнего путешествия, попечитель Петербургского учебного округа, по ходатайству университета, разрешил оставить его при кафедре ботаники для подготовки к магистерскому экзамену — сроком с 1 января 1898 г. по 1 января 1900 г., хотя и без стипендии. С этого же момента он начинает преподавание в университете, в частности ведет практические занятия со студентами по цветковым растениям.
В мае 1899 г. он был назначен сверхштатным хранителем Ботанического кабинета в Петербургском университете, а с 13 ноября 1899 г. зачислен младшим консерватором [растений] в Ботанический сад на Аптекарском острове. Именно в этом учреждении В. Л. Комаров и проработал около 50 лет. Теперь, выведенное им на почетное место, оно носит название Ботанического института имени В. Л. Комарова Академии Наук СССР.
А. П. Ильинский («Сов. ботаника», № 6, 1944, стр. 17—23) весьма красочно описывает этот период: «Поступая на работу в сад, В. Л. явился туда с богатейшим приданым — гербарием, собранным им на нашем Дальнем Востоке, в Корее и в Маньчжурии в 1895—1897 гг. В этом гербарии было представлено свыше 80% от общего числа видов, населяющих обширную Маньчжурскую флористическую область [1270 видов из 1682], которая была выделена и границы которой были установлены впервые В. Л. В старом здании [гербария] по Песочной ул. (ныне ул. проф. А. С. Попова) В. Л. попал на довольно беспокойное рабочее место. Он поместился во II этаже, у самого входа в него с лестницы. Тревожили В. Л. и посетители своими вопросами, и курильщики, выходившие покурить на лестницу. Это не помешало, однако, В. Л. необычайно быстро и успешно обработать не только свои сборы, но и все имевшиеся в саду гербарии из Маньчжурской флористической области».
При исключительной работоспособности Комарова понадобилось все же около восьми лет, чтобы закончить обработку коллекций. Он начал ее в 1898 г. и окончил в 1906 г., т. е. за год до выхода из печати последней части «Флоры Маньчжурии». Публикации В. Л. Комарова, явившиеся результатом этой обработки, свидетельствуют о том, что она была выполнена на очень высоком научном уровне.
Первыми трудами, относящимися к ней, являются уже отмеченные выше два его отчета по работам 1895 г. За ними появляется чрезвычайно важная статья: «Ботанико-географи-ческие области бассейна Амура» («Тр. СПб. об-ва естествоисп., 1897, т. XXVIII, вып. 1, прот. засед. № 1, стр. 35—46). Строго говоря, эта работа, доложенная в отсутствие автора, 22 января 1896 г., является одним из результатов его первого путешествия. Он сделал в ней «попытку определить возможно точно границы естественных флористических областей умеренного пояса на Дальнем Востоке азиатского материка... В ней дана краткая характеристика Даурской, Восточно-Сибирской, Охотской и Маньчжурской областей. Для последней приведены наиболее характерные формы ее лугов и лесов и дана более подробная характеристика северного пограничного ее района».
Существенно новым, принадлежащим исключительно В. Л. Комарову, является выделение Охотской и Маньчжурской ботанико-географических областей, прочно вошедшее в русскую ботаническую географию. В то время как границы Даурской области были ботанически довольно точно очерчены в 1842 г. Н. С. Турчаниновым, Восточно-Сибирская область представляла понятие собирательное и в прежнем понимании могла включать и охотскую и маньчжурскую флору, В. Л. Комаров со своей обычной последовательностью и точностью отделил по характерным ботанико-географическим и флористическим признакам установленные им области, уточнив существовавшие определения и ярко очертив новые. Впрочем, если уж быть точным, то и для термина «Охотская область» он мог воспользоваться существовавшим эпитетом Е. Р. Траутфеттера и К. А. Мейера, некогда, в 1856 г., написавшим «Florula Ochotensis Phaenogama». Следует только иметь в виду, что флора у этих авторов, конечно, не совпадает с ботанико-географической областью В. Л. Комарова.
Зато в определении «Маньчжурская область» В. Л. Комаров совершенно самостоятелен. Введением нового названия им уничтожен большой разнобой в географической номенклатуре этой флоры. Академик К. И. Максимович (1859) называл эту флору амурской, Э. Л. Регель (1861) — уссурийской, Ф. Б. Шмидт (1874) — амгуно-буреинской. В. Л. Комаров показал, что все эти наименования охватывают районы меньшие, а главное нередко более разнородные, чем выделенная им Маньчжурская область, флора которой «является «флорою однородной и естественной, связанной как составом и общим характером ее, так и общностью биологических условий и общностью происхождения и истории».
Посмотрим, как же характеризует он выделяемые им единицы. Маньчжурская область, по его мнению, занимает южную верхнюю часть бассейна Амура, причем характернейшими формациями являются здесь горные леса и обширные луга речных долин. Леса этой области в их первобытном виде имели своей главной основой хвойные породы, особенно корейский кедр (Pinus koraiensis) и целыголистую пихту (Abies holophylla), лиственных же пород в их состав входило не больше 30%. Однако в дальнейшем, в связи с деятельностью человека, а главным образом из-за лесных пожаров, процент хвойных пород значительно снизился в пользу лиственных.
Охотская область занимает в бассейне Амура его нижнее течение. Леса из аянской ели (Picea ajanensis), почкочешуйной пихты (Abies nephrolepis), моховые болота с насаждениями даурской лиственницы (Larix dahurica) и кедровые стланники (Pinus pumild) — вот типичные формации этой области.
Восточно-Сибирская область в пределы бассейна Амура заходит только частично, в северо-западной его части. Для лесов этой области приводятся: сибирская лиственница (Larix sibirica), сибирская ель (Picea obovata) и сибирская пихта (Abies sibirica).
Наконец, Даурская область понимается В. Л. Комаровым так, как она обозначена Н. С. Турчаниновым. Она заключает восточное Забайкалье, восточную Монголию и хр. Большой Хинган. Наиболее типичной и преобладающей ее формацией Комаров считает степи, покрывающие не только равнины, но и большую часть горных склонов. Леса в типичных местностях области встречаются только небольшими рощами. Позднее Комаров для характеристики этих лесов указал черную, или даурскую, березу (Betula dahurica).
В последнее время появилась попытка (В. Н. Васильев, В. Б. Сочава) ревизовать расчленение охотской и маньчжурской флоры главным образом на том основании, что они постепенно переходят друг в друга, и, кроме того, в пределах собственно Маньчжурской области, на горах, охотские элементы образуют особый и самостоятельный пояс. Однако попытка эта не имеет достаточных оснований, поскольку необходимо сравнивать одинаковые вертикальные (высотные) поясы, а именно в нижнем поясе различия Охотской и Маньчжурской областей особенно очевидны и ярки. Поэтому для настоящего времени мы считаем ботанико-гоографическую схему В. Л. Комарова незыблемой и установление ее — одним из крупнейших его достижений.