Прямым продолжением этой работы явилась статья «Южная граница Маньчжурской флористической области» («Тр. СПб. об-ва естествоиоп.», 1898, т. XXIX, вып. 1, прот. засед. № 1, стр. 32—40). Она заключает характеристику растительности «по зонам, формациям и географическим участкам» на пути, пройденном В. Л. Комаровым в 1897 г. от устья р. Тумын-ган до г. Мукдена. Путешествие 1897 г. было задумано с целью ознакомления с протяжением Маньчжурской области к югу, и отчет, каким являлась упомянутая статья, освещает именно этот вопрос. Отчет был доложен автором 28 февраля 1898 г.
В 1899 г. В. Л. Комаров публикует совместно с В. А. Траншелем небольшую заметку «О новом роде ржавчинных грибов — Pucciniostele Tranzschel et Komarov» («Тр. СПб. об-ва естествоисп.», 1899, т. XXX, вып. 1, прот. засед. № 4, стр. 135—139). Гриб этот был собран им в Маньчжурии на китайской камнеломке (Astilbe chinensis) и еще в 1891 г. наблюдался английским ботаником Беркли, но был неправильно отнесен им к роду Xenodochus, под именем X. Clarkianus. Так как Комаров систематически наблюдал и собирал этот гриб в природе в течение целого вегетационного периода, то в его распоряжении оказался полный цикл плодоношения изучаемой формы, что и позволило ему отличить этот новый род от рода Xenodochus. В 1904 г. Дитель переименовал описанный Комаровым вид в Pucciniostele mandschurica, так как обнаружил его отличия от Xenodochus Clarkianus, который, однако, он считал также относящимся к этому новому роду {Pucciniostele). Еще позднее, в 1936 г., проф. Л. И. Курсанов подверг этот замечательный организм дополнительному исследованию.
Pucciniostele mandschurica был не единственным грибом, собранным В. Л. Комаровым в его маньчжурских путешествиях. Годом позднее, публикуя небольшую заметку об этом же виде (Ueber Pucciniostele Clarkiana (Barcl.) Tranz. et Kom., «Hedwigia», Dresden, 1900, Bd. XXXIX, Beibl. No. 4, SS. 121—123), он одновременно обрабатывает два полных выпуска так называемых «exsiccata», т. е. гербария грибов, выпускаемого в виде издания в числе 50 экземпляров. В них вошли большей частью сборы самого Комарова из Петербургской и Новгородской губерний, а также из Амурской области. Уссурийского края и Маньчжурии (Diagnosen neuer Arten und Formen, sowie kritische Bemerkungen zu bekannten Arten, welche in Jaczewski, Komarov, Tranzschel, «Fungi Rossi ae exsiccati», fasc. VI und VII, 1899, herausgegeben worden sind. «Hedwigia», Dresden, 1900, Bd. XXXIX, Beibl. No. 4, SS. 123—129).
Наконец, в 1901 г. появляется первая статья из цикла систематических статей, писавшихся В. Л. Комаровым в течение всей его жизни. Она заключала первую серию новых для науки видов растений, описывавшихся с Дальнего Востока (Species novae Florae Asiae orientalis. «Тр. СПб. ботан. сада», 1901, т. XVIII, вып. 3, стр. 417—449). Любопытно, что, описав в своей жизни множество новых растений из Зерав-шана, Маньчжурии, Камчатки и Монголии, он никогда не придавал этому занятию самодовлеющего значения. Он посмеивался над любителями, выступавшими с описаниями одного-двух новых видов, чтобы поставить за их эпитетами свою фамилию. Он говорил, что «нужно описывать новые виды профессионально или не описывать их вовсе».
Под профессиональным описанием В. Л. Комаров подразумевал диагностику новых видов как неизбежную подсобную работу при составлении обширных флор или монографий.
Названная статья, несомненно, представляла именно такое «профессиональное» описание. Она заключала «подробные диагнозы 50 новых видов» его маньчжурского гербария. «Описан также новый род Boehmeriopsis из сем. крапивоцветных и установлен новый подрод рода Lonicera [жимолость] для описанной вновь Lonicera vesicaria и уже ранее опубликованной Franchet — L. Ferdinandh. Как отметил Комаров позднее, уже после напечатания этой статьи он пересмотрел и частью переопределил все собранные им растения, причем обнаружил в статье некоторые ошибки или неполноту, в связи с чем между статьей и полным списком растений Маньчжурии есть некоторые расхождения.
В том же 1901 г., 19 сентября, в Обществе естествоиспытателей В. Л. Комаров делает очередное сообщение под названием «Хвойные деревья Маньчжурии»; в конце 1901 г. работа эта была опубликована («Тр. СПб. об-ва естествоисп.», 1901, т. XXXII, вып. 1, прот. засед. № 6, стр. 230—241).
Эти мелкие статьи и заметки по своему значению, разумеется, уступают начавшей выходить в том же 1901 г. основной работе В. Л. Комарова, его бессмертной «Флоре Маньчжурии». Этот грандиозный, не только по тому времени, труд заключал три тома в пяти выпусках и печатался в Трудах СПб. ботанического сада (т. XX; т. XXII, вып. 1 и 2; т. XXV, вып. 1 и 2). Он выходил в такой последовательности: том Т в 1901 г. (10 + 552 стр.); т. II, часть 1, в 1903 г. (4 + 452 стр.); т. II, часть 2, в 1904 г. (8 + 330 стр.); т. III, часть1, в 1905 г. (6 + 334 стр.) и т. III, часть 2, в 1907 г. (10 + 518 стр.). Труд в целом содержит 2281 стр.; в нем дано описание 1682 видов растений Дальнего Востока, из которых 84 новых, впервые описанных автором.
Своей «Флорой Маньчжурии» Комаров создал образцовый, стоящий на самом высоком научном уровне труд, для которого характерна, кроме чисто формальных и специально ботанических достоинств, большая идейная глубина.
Особенно показателен в этой работе ее первый том.
Общую часть первого тома Комаров начал с установления границ и общего характера Маньчжурской флористической области. Он показал, что понятие «Маньчжурия» может быть определено трояким способом: административно, этнографически и географически. Остановившись на третьем понятии, он очертил рельеф и климат Маньчжурской области, указав, что последний складывается под господствующим влиянием муссонов. Он описал также вкратце почвы страны и дал примерную схему ее районирования, т. е. расчленения на естественные районы.
Далее детально рассмотрена история исследования описываемой территории, тщательно перечислена и прореферирована вся литература, относящаяся к Маньчжурии и к сопредельным странам.
В четвертой главе перечислены все коллекции растений, бывшие в распоряжении автора, и в заключение приведены по дням все маршруты, «пройденные автором в пределах Маньчжурской флористической области в 1895, 1896 и 1897 годах».
Однако наибольший интерес представляет пятая глава общей части, носящая название «Предисловие к перечню растений Маньчжурии. Вид и его подразделения». В. Л. Комаров поднимает в ней один из важнейших и принципиальнейших вопросов систематики растений — что такое вид, каковы его признаки и дальнейшие подразделения.
Приведем из нее несколько строк: «Вопросом наибольшей важности при научном определении растений является объем видовых групп. Приступая к определению собранных мною в Маньчжурии коллекций, я не имел никакой определенной тенденции в этом направлении. Я старался только быть насколько возможно объективным и приискать для моих растений такие названия, под которыми их легко и точно могли бы узнать последующие исследователи. Однако во время работы понемногу стали выясняться некоторые положения, последовательное проведение которых могло бы, быть может, сообщить работе требуемую однородность. Я говорю о точном определении тех понятий, которые соответствуют терминам: «вид, раса (subspecies), разновидность и форма».
