Свои магистерские экзамены В. Л. Комаров сдал в течение 1899 г. В качестве магистерской диссертации он представил физико-математическому факультету Петербургского университета первый том «Флоры Маньчжурии». Поскольку работа не была формальным перечнем собранных растений, а заключала обширную и содержательную общую часть, она была принята, и в феврале 1902 г. на открытом заседании факультета состоялась ее публичная защита. Официальными оппонентами В. Л. Комарова на этой защите были профессора X. Я. Гоби и В. И. Палладин. Защита прошла вполне благополучно, и В. Л. Комарову была присуждена первая ученая степень - магистра ботаники.
Теперь он обладал уже всеми законными правами на штатную должность и был представлен к званию приват-доцента на кафедре ботаники Петербургского университета. Так как приближалось каникулярное время, то особенных перемен в деятельности молодого магистра ботаники это не вызвало. Между тем в мае того же 1902 г., на соединенные средства и по совместному поручению Русского географического общества и Ботанического сада, Комаров снова отправился путешествовать в восточные Саяны, откуда вернулся только в конце сентября.
В это время его утвердили в звании приват-доцента, а 4 октября 1902 г. он - в форме перевода из младших консерваторов в старшие - получил повышение и в Ботаническом саду. Старших консерваторов в это время было в саду немного, да и те часто бывали в экспедиционных разъездах; в связи с этим ему нередко приходилось замещать заведующего гербарием В. И. Липского. Но и независимо от этого у него прибавилось много работы по наблюдениям за коллекциями живых растений на территории и в оранжереях сада.
Тем не менее и на кафедре ботаники он работает не покладая рук, несмотря на немалые трудности, возникавшие на каждом шагу. Фактическим хозяином кафедры продолжал оставаться проф. Гоби, который не допускал Комарова к чтению общих обязательных курсов, например систематики цветковых растений. Комарову приходилось изобретать особые факультативные (необязательные) приват-доцентские курсы, которые охотно посещались многими студентами, привлеченными его выдающимся лекторским талантом и превосходной эрудицией. Дело все же не обходилось без мелочных затруднений и неприятностей. Так, по воспоминаниям проф. О. Н. Радкевич, для лекций Комарова не находилось места в специальном большом здании ботанических кафедр, выстроенном при декане А. Н. Бекетове, и В. Л. Комаров был вынужден постоянно кочевать со своими курсами, т. е. читать, где придется, в разных зданиях, где в назначенные ему часы оказывалась свободная аудитория. Студенты без особого труда разыскивали увлекавшего их лектора - то в главном здании университета, то в помещении филологического факультета. Лекции посещались без пропусков и пользовались неизменным успехом.
Проф. О. Н. Радкевич удалось установить, какие именно курсы читались в университете В. Л. Комаровым. В ежегодных официальных отчетах под названием «Обозрение преподавания наук на физико-математическом факультете Петербургского университета» об этом сохранились следующие сведения. В 1903-1906 гг. Комаров читает курс «Истории развития царства растений», преобразованный позднее, в 1908-1911 гг., в курс «Теории видообразования». В 1912-1914 гг. он преподает «Общие основы систематики растений». В 1914-1917 гг., т. е. в последние три года приват-доцентской работы на кафедре, он читает курс «Географии и экологии растений». В разнообразии читаемых курсов его универсальное дарование и блестящая образованность выступают с исключительной яркостью.
Нужно быть благодарным официальному «Обозрению преподавания», ибо, по словам О. Н. Радкевич, руководство кафедрой в своих годичных отчетах постоянно забывало отметить деятельность приват-доцента В. Л. Комарова; нередко в них он даже и не упоминается...
Комаров, читая курсы, никогда не повторял их слово в слово, а постоянно развивал и совершенствовал. Так как в университете была установлена предметная система, не стеснявшая студентов, то многие из них слушали читаемые Комаровым курсы по два-три раза. Читал он необыкновенно живо и увлекательно, приводя богатейший иллюстративный материал. После лекций его забрасывали вопросами, завязывались оживленные беседы и споры, во время которых расширялся научный кругозор слушателей и загорался интерес к самостоятельным творческим исследованиям...
Все же в университете В. Л. Комарову было тесно и скучно, в особенности в первые годы, когда X. Я. Гоби допускал нового доцента только к ведению практических занятий. Он искал выхода своей кипучей энергии за пределами казенного университета, стремясь начать преподавание в частных и общественных высших школах, являвшихся существенным дополнением к сравнительно малому числу казенных высших учебных заведений. В этом на помощь ему пришел один из его любимых учителей и старший друг - проф. П. Ф. Лесгафт. Он пригласил Комарова вести преподавательскую работу на организованных им при биологической лаборатории частных Высших женских курсах. С 1899 г. В. Л. Комаров начал там чтение общего курса ботаники.
П. Ф. Лесгафт привлекал к преподаванию на руководимых им курсах преимущественно молодых ученых, передовых по своим знаниям, сторонников материалистического мировоззрения. Естественно, что с официальной точки зрения это был в своем большинстве «неблагонадежный элемент». Слушательницы курсов также были под подозрением. Время от времени курсы, по приказу свыше, закрывались. Затем им снова разрешалось возобновить занятия. Просуществовав таким сложным порядком 10 лет, они были в 1909 г. по распоряжению правительства закрыты совсем. В. Л. Комаров преподавал там все это время.
Именно здесь, с воодушевлением работая в созданной П. Ф. Лесгафгом свободной среде молодых ученых-материалистов, В. Л. Комаров приобрел своих первых талантливых учеников, имена которых позднее стали известны всей стране. Он был на курсах Лесгафта одним из самых любимых преподавателей. Уже обладая опытом работы в университете, он организовал здесь, по воспоминаниям академика Н. А. Максимова, «в высшей степени удачный и оригинальный цикл практических занятий по анатомии и по систематике растений, послуживший основой для появившихся позднее двух печатных руководств под общим заглавием «Практический курс ботаники». Первая часть этого курса, под названием «Строение растений», вышла впервые в 1905 г., а далее выдержала семь изданий, причем начиная с 6-го издания (1936 г.) носит название «Практический курс анатомии растений», которое делает излишним всякие комментарии. Она вскоре заменила на первом курсе университета переводный учебник Страсбургера, трудный и весьма описательный. Книга же Комарова была живой, отвечавшей требованиям студентов-биологов, которые ждали ответа не только на вопрос как, но и на вопрос почему.
Вторая часть курса, под заглавием «Типы растений», сохра нившимся и до сих пор, впервые была напечатана много позднее, в 1923 г., так как автор многократно изменял и исправлял ее в процессе составления. До 1939 г. эта книга, неизменно дополнявшаяся и исправлявшаяся автором, выдержала три издания. Знаменательно, что в этой работе 27 глав из 36 и около 300 страниц из 366 посвящены приемам знакомства с низшими, споровыми растениями: водорослями, грибами, мхами и лишайниками. Комаров, понимая, что именно эти организмы осваиваются начинающими с наибольшим трудом, почти все практические занятия строил на них. Любопытно также, что весь материал расположен в учебнике в эволюционной последовательности. Каждому типу растений предшествует введение, характеризующее биологические особенности и признаки типа; вслед за последним примером каждого типа растений следует краткое резюме, подводящее итог полученным сведениям.
Оба учебника написаны превосходным, живым, сжатым и ясным языком.
После нескольких лет усердной работы на курсах П. Ф. Лесгафта В. Л. Комаров почувствовал, что и здесь ему становится тесно. Курсы носили общеобразовательный характер с педагогическим уклоном. Они, следовательно, не могли ни включать обширные программы по естествознанию, ни готовить специалистов-ботаников. Поэтому Комаров еще в 1905 г. начавший читать краткий курс общей ботаники на кратковременных педагогических курсах Фребелевского общества, в 1906 г. становится преподавателем также и на частных Высших женских естественнонаучных курсах. Последние были организованы с помощью группы прогрессивных профессоров и доцентов известной общественной деятельницей Петербурга М. Лохвицкой-Скалон. Состав преподавателей здесь был еще сильнее, чем на курсах П. Ф. Лесгафта, а заведывал учебной частью известный петербургский зоолог проф. В. М. Шимкевич.
С января 1906 г. Комаров читал на этих курсах ботаническую географию, а с осени 1907 г. принял заведывание кафедрой, и начал чтение курса общей ботаники. С необычайной энергией принялся он за организацию кафедры. Средства ее были ничтожны, по вокруг нее вскоре образовалась группа специалисток, энтузиасток ботаники, верных помощниц Комарова. В их числе была студентка Надежда Викторовна Старк, будущая жена, преданная спутница жизни и талантливая его ученица. Вместе с ними он работал нередко до глубокой ночи, а летом без конца экскурсировал, собирая, подготовляя и систематизируя материалы для различных учебных и демонстрационных пособий. Если нехватало денег на заказ таблиц или приобретение книг, В. Л. Комаров добавлял их из своих личных средств. Благодаря самоотверженной его работе кафедра росла и пополнялась. Проф. В. П. Савчч вспоминает, что в 1912 г., когда ему пришлись сравнить практические занятия по низшим (споровым) растениям в кабинете университета и на Высших женекюс курсах, он должен был засвидетельствовать, что на курсах они были поставлены лучше и давали студенткам более глубокие знания.
На кафедре В. Л. Комаров был единственным формально квалифицированным лицом. Он читал, собственно говоря, все: анатомию растений, куро споровых растений, размножение растений, курс систематики высших (цветковых) и ботаническую географию. По каждой дисциплине, имевшей практические занятия, одну из групп он обязательно вел сам, показывая методический пример слушательницам и ассистентам.
На Высших женских естественнонаучных курсах Комаров, организатор всего учебного процесса своей кафедры, вырастил огромные кадры преподавательниц естествознания и ботаники для вузов и средней школы. Он работал до самого закрытия курсов в период революционных событий 1917 г. Впоследствии эти курсы влились - в реорганизованном виде - в Третий государственный педагогический институт (позднее «имени Герцена»), возникший в результате слияния нескольких параллельных по задачам и выполняемой учебной программе высших учебных заведений. Комаров перешел сюда вместе со всеми накопленными им пособиями и созданными им кадрами сотрудников и был с 1919 г. первым профессором ботаники этого института. Лишь в 1925 г., в связи с чрезвычайным увеличением всевозможных обязанностей но университету, Академии Наук и Ботаническому саду, он оставил преподавание в институте, где его заменил проф. Н. А. Максимов.
Студенческий ботанический кружок в университете, столь активным членом которого В. Л. Комаров был в студенческие годы, продолжал функционировать и во время его приват-доцентства. В 1907 г. X. Я. Гоби, по положению руководивший кружком, отказался от руководства, и таковое согласился принять на себя В. Л. Комаров.
