Заканчивая доклад, В. Л. Комаров говорит: «Итак, наше отношение к теории Дарвина таково. Она совершенно изменила способ изучения животных и растений, создала в науке динамическое направление. Она близка и нужна нам до сих пор, несмотря на 70-летнее существование, ибо на ней мы будем базироваться в дальнейшем. Она произвела анализ взаимоотношений в самой природе, а также между природой и человеком. Она открыла перед человеком широкую дорогу» (см. примечание на стр. 241).
В 1929 г. В. Л. Комаров создал первый эскиз одной из своих интереснейших будущих работ - «Происхождение растений». Это была антирелигиозная брошюра, вышедшая под названием «Как произошел растительный мир по библии и по науке» (1929, стр. 1-71, 34 рис., изд. «Атеист»). Книга снабжена большим (на 12 страницах) предисловием редакции. В нем кратко излагается история культов природы.
Следующее за предисловием изложение В. Л. Комарова, в котором, повторяем, легко узнать очертания будущего «Происхождения растений», начинается в первой главе с выяснения значения зеленых растений на Земле. Во второй главе даны характеристика Земли до появления на ней растений и обозрение гипотез о зарождении жизни на Земле. Здесь впервые В. Л. Комаров излагает свою мысль о зарождении хемотроф-ных бактерий в горячих ключах, к которой его привели наблюдения на Камчатке. В третьей главе он рассматривает круговорот жизни и круговорот вещества в природе, а в четвертой освещает понятие об эволюции и излагает палеонтологическую летопись. Затем идет последовательный обзор геологических периодов и свойственных им растений. В последней, девятой главе описывается происхождение отдельных групп растительного мира, от бактерий до цветковых растений. Наконец, заключение содержит сжатое резюме растительных смен на земле, заканчивающееся словами: «Так постепенно выработалась и создалась система растений, без всякого вмешательства сверхъестественных сил и чудес».
Почти все названия отдельных глав брошюры сохранились и в работе «Происхождение растений», которую автор дополнил лишь двумя главами о палеогеографических реконструкциях и о происхождении отдельных органов растений. Поэтому мы с полным правом можем считать названную брошюру, выражаясь ботанически, за исходный тип, аутентик «Происхождения растений». Как в первом, так и во втором своем воплощении новая работа В. Л. Комарова имела огромный успех. Под названием «Как произошел растительный мир» она выдержала два издания (1929, 1930), а под названием «Происхождение растений» - еще шесть (1933, 1934, 1935 два изд., 1936, 1941).
Весной 1929 г. В. Л. Комаров временно замещает непременного секретаря Академии Наук СССР - академика С. Ф. Ольденбурга. В 1929 г. на годичном собрании Академии Наук он выступает с отчетным докладом о работе Академии Наук за год. Он же руководит составлением годового отчета и подписывает его (Отчет о деятельности Академии Наук СССР за 1929 г. с приложением отчетов отдельных академических учреждений. 1. Общий отчет. Изд. АН СССР, 1930, стр. I-XVIII, 1-296, 1-29).
3 марта 1930 г. состоялись перевыборы Президиума Академии Наук, за исключением одного из вице-президентов, академика Г. М. Кржижановского. Президентом был переизбран престарелый академик А. П. Карпинский, непременным секретарем был избран академик В. П. Волгин, а одним из вице-президентов - академик В. Л. Комаров.
После избрания В. Л. Комарова вице-президентом Академии Наук ему сразу же было поручено заведывание всей административно-финансовой частью Академии. Кроме того, в связи с пересмотром системы учреждений, входивших в состав Академии Наук, выяснилась необходимость расчленения чрезвычайно обширного Отделения физико-математических и естественных наук. В 1931 г. из него была выделена самостоятельная «группа биологических наук», председателем которой сделался В. Л. Комаров. Добавим к этому, что он продолжал оставаться председателем Тихоокеанского комитета, а также комиссий по изучению Якутии и Байкала, членом комиссии экспедиционных исследований, а в 1930 г. был назначен председателем комиссии по изучению Монголии, директором Ботанического и Лесного музеев. Помимо того, в 1930 г., после смерти академика И. П. Бородина, он был избран также председателем Русского ботанического общества.
Только необыкновенной энергией и великолепным знанием всей системы учреждений Академии Наук можно объяснить то, что В. Л. Комаров не только успешно справлялся со своими многочисленными обязанностями, но еще успевал научно работать и летом неизменно предпринимал экскурсии. Так, еще в 1926 и 1927 гг. он по полтора-два месяца проводил в Геленджике, где не только отдыхал, но и усердно коллектировал растения. Летом же 1930 г., в июле, он поехал на Дальний Восток, посетил г. Никольск-Уссурийский и оттуда совершил ряд поездок по долинам рек Супутинки и Суйфуна, а также на о-в Русский и в окрестности г. Хабаровска. В августе он был во Владивостоке, а в начале сентября посетил Хабаровск, где, после переговоров в Крайисполкоме о необходимости участия Академии Наук в исследовательских работах на Дальнем Востоке, у Владимира Леонтьевича, повидимому, впервые зародилась мысль об организации стационарных филиалов Академии Наук на отдаленных окраинах.
Особое место в деятельности В. Л. Комарова за эти годы заняли мероприятия по улучшению организации ботанических учреждений Академии Наук. Важнейшим из них было включение в состав академических учреждений Главного ботанического сада, находившегося до 1930 г. в системе Народного комиссариата земледелия РСФСР. Далее, в связи с нерациональностью существования двух параллельных учреждений: Главного ботанического сада Академии Наук и Ботанического музея Академии Наук, по предложению В. Л. Комарова было произведено слияние их коллекций и научного персонала и создана на их базе совершенно новая организация - Ботанический институт Академии Наук СССР. Это слияние потребовало около двух лет напряженного труда и было закончено только в 1933 г. Оно дало возможность, во-первых, выявить массу дублетных материалов, параллельных в обоих хранилищах, а во-вторых, значительно пополнить и увеличить почти вдвое количество коллекций, хранившихся в гербарии Главного ботанического сада. Директором нового института был назначен академик Б. А. Келлер, а В. Л. Комаров получил в нем заведывание отделом систематики и географии растений.
В начале 1931 г. в Ботаническом институте возникла идея составления «Флоры СССР», т. е. инвентаря всех растений, обитающих на территории СССР. История этого дела, во главе которого стал В. Л. Комаров, такова. В самом начале 1931 г. заведующий гербарием проф. Б. А. Федченко представил на обсуждение сотрудников гербария план составления и издания «Флоры СССР». В соответствии с замечаниями коллектива гербария этот план был переработан и дополнен. В конце февраля 1931 г. в Ленинграде, в здании Ботанического института, состоялась созванная по инициативе Б. А. Келлера Всесоюзная геоботаническая конференция, на которой В. Л. Комаров выступил с докладом «Цели и задачи издания „Флоры СССР"», а Б. А. Федченко доложил «Порядок выполнения работ по „Флоре СССР"». Оба эти доклада, основанные на принципах, выработанных флористами гербария при живейшем и деятельнейшем участии В. Л. Комарова, были одобрены и приняты конференцией. Таким образом, это большое и сложное дело пошло в ход. В. Л. Комаров был единогласно избран главным редактором «Флоры СССР», в связи с чем на его долю выпала вся основная работа по обеспечению этого сложнейшего научного труда авторским коллективом, по объединению вокруг него всех ботаников СССР и по унификации всех представляемых авторами материалов. Нужно прямо сказать, что только благодаря непререкаемому научному авторитету и поистине неисчерпаемой энергии В. Л. Комарова ему удалось вокруг этого ответственнейшего дела, предпринятого в гигантском масштабе, объединить советских ботаников, приобпщть к нему их всех, от мала до велика.
Несмотря на все свои многосложные и разнообразные обязанности, В. Л. Комаров и в 1931 г. сумел побывать летом на Дальнем Востоке и интенсивно и плодотворно провести там научную работу.
Остановимся также на сделанном им на чрезвычайной сессии Академии Наук СССР 21-27 июня 1931 г. в Москве и в том же году опубликованном докладе «Растительный мир СССР и сопредельных стран». В сущности этот доклад представляет собою конкретную программу работ на ближайшие годы по советской ботанике в связи с задачами первого пятилетнего цлана (1928-1932 гг.) развития народного хозяйства СССР. В начале доклада Владимир Леонтьевич говорит о необходимости предпринятого советскими ботаниками составления «Флоры СССР» и сравнивает ее программу с существующими флорами буржуазных стран. При этом он попутно, давая определение вида, указывает, что особенность «Флоры СССР» выразится «прежде всего в том, что учение о виде, на котором базируется вся работа, у нас должно быть взято в его диалектическом отоб ражении».
Далее он останавливается на последовательности изучения растительного покрова СССР в соответствии с конкретными задачами выполнения пятилетнего плана. Он говорит о поисках витаминных растений на Крайнем Севере, о продвижении к северу границ земледелия, об организации новых площадей пастбищ и сенокосов. Ряд важнейших практических проблем ставится В. Л. Комаровым для отдельных областей Союза. Так, для Кавказа он выдвигает проблему сохранения горных лесов и высокогорных пастбищ, для Средней Азии - проблему использования снеговых вод для орошения и проблему поисков новых диких полезных растений. Упоминает В. Л. Комаров также и о соседних странах: Иране, Монголии и Маньчжурии, без знания растительности которых исследование наших пограничных областей будет неполным.
Наиболее замечательным в докладе является обозрение методики исследования растительности, по поводу которой В. Л. Комаров говорит: «В нашем скромном деле, в изучении растительного покрова, буржуазная наука также немного заблудилась. Создана целая особая дисциплина - «фитосо-циология», с учением о растительных сообществах. Самое понятие о социальной жизни растений несколько напоминает созданное немецким ботаником Франсе учение о душе у растений». Между тем «жизнь растений - чисто физиологическая, а не экономическая, а тем более не социальная». Упоминая далее о том, что фитосоциология зародилась, собственно, на русской почве в период 1906-1912 гг., автор сообщает, что в настоящее время она широко развилась в Западной Европе, но свелась там лишь к тому, что в образовании различных группировок и сложении растительного покрова в природе влиянию растений друг на друга придается гораздо большее значение, чем таким внешним условиям, как климат, почва, увлажнение и т. д. «Реформа,- пишет В. Л. Комаров,- которую необходимо провести в методах изучения растительного покрова, заставляет настаивать на полном изъятии из наших работ всякого намека на фитосоциологию. Работа геоботаника должна быть направлена на овладение зависимостями между растительным покровом, почвой и климатом». В заключение В. Л. резюмирует поставленные задачи и вкратце повторяет 12 крупных комплексных тем, пригодных для разработки в масштабе всего СССР и всеми ботаниками страны.