Научную деятельность Е. Ф. Лискун начал в годы студенчества (1896—1900). В это время отечественная зоотехническая наука еще только зарождалась. Ефим Федотович начал свои исследования с изучения вопросов краниологии сельскохозяйственных животных. Этой проблеме он посвятил следующие научные работы: «Краниологический метод в практическом преломлении» (1898), «К определению пород крупного рогатого скота» (1899), «Задачи краниологии» (1902), «Задачи краниологии» (1903), «Методика краниологических исследований» (1910) и др. Эти работы явились научной основой русской краниологии. Своими исследованиями Ефим Федотович прежде всего нанес сильный удар по метафизическим теориям о неизменяемости наследственности под воздействием условий внешней среды. Он убедительно доказал научную необоснованность и несостоятельность краниологической, характеристики типов и пород, данной Рютимейером, Вилькенсом, которые принципиально отрицали изменчивость черепов под влиянием условий жизни животных, опроверг доктрину Юстинуса и его единомышленников о постоянстве пород. Большое количество исследований черепов (около 5 тыс.) животных, выращенных в разных климатических, природных и географических условиях нашей страны, полностью подтвердило гипотезу Ефима Федотовича об изменчивости пород под влиянием внешней среды, в частности, о большой формообразующей роли кормления, содержания и упражнения животных. Научно обобщая полученный материал, Ефим Федотович писал, что элементы краниологической характеристики как по своим абсолютным количественным выражениям, так и по своим соотношениям зависят, по преимуществу, от характера условий кормления и содержания животных, которые налагали свою тяжелую печать на характерные черты строения черепа. В дальнейшем Ефим Федотович и его ученики детализировали характер наиболее лабильных очертаний черепа и в равной мере наиболее консервативные его элементы (особенности), дающие возможность по-новому трактовать происхождение некоторых отечественных пород животных. Е. Ф. Лискун впервые научно разработал и обосновал методику измерения (19 промеров), изучения, обработки и сохранения черепа. Именно по этой методике в настоящее время проводятся основные исследовательские работы в данной области. В целях измерения и изучения черепа животного Ефим Федотович сконструировал свой краниофор, который широко применяется при исследовательских работах по краниологии. Академик Лискун в своих работах дал точные характеристики остеологических и краниологических свойств основных пород сельскохозяйственных животных, особенно пород крупного рогатого скота; это позволило правильнее устанавливать родственные связи между отдельными породами и их происхождение. Следует, однако, заметить, что крупнейшие исследования ученого по краниологии все еще недостаточно практически используются. В 1947 году Ефим Федотович Лискун принес в дар Тимирязевской сельскохозяйственной академии свою краниологическую коллекцию главнейших видов домашних животных, которую он собирал на протяжении 57 лет своей жизни. Краниологический музей в Тимирязевской сельскохозяйственной академии является единственным в нашей стране.
