Тимирязев осуждает Конта за то, что он «считает исторический метод уделом одной только социологии». Вместе с тем Тимирязев показывает, что в социологии исторический метод Конта был далек от действительного понимания характера исторического процесса. В последние годы жизни Тимирязев убедился, что действительным создателем исторического метода в социологии был не Конт, а Маркс: «Мост между биологией и социологией в форме применения исторического метода строится одновременно с обоих концов Дарвином и Марксом, как это превосходно выразил Энгельс в своей речи над могилой своего друга». Таким образом, Тимирязев сводит на нет «заслуги», которые приписывал себе Конт.
Боязнь революций, желание во что бы то ни стало доказать их неправомерность заставляли Конта закрывать глаза на действительную жизнь, где развитие немыслимо без противоречий, без скачков, без перехода количественных изменений в изменения качественные. Конт отрицал противоречия и диалектические скачки также и в природе. В то же время Конт превозносил теорию катаклизмов Кювье и называл Кювье «положительным философом». В отличие от Конта Тимирязев отвергает теорию катаклизмов Кювье. Вместе с тем он начинает отходить и от плоского эволюционизма Дарвина, становясь на единственно верный путь признания скачкообразных качественных изменений в результате накопления изменений количественных.
Как закоренелый метафизик Конт считал, что между органическим миром и «инертной природой» лежит ничем не заполнимая бездна. Тимирязев же целые десятилетия проводит над работой по исследованию явлений фотосинтеза, доказывая единство органического и неорганического мира. Мысль об этом единстве проходит у Тимирязева красной нитью через все его произведения. Отлично от Конта решает Тимирязев и вопрос о соотношении теории и практики, наук теоретических и практических. Тимирязев твердо убежден, что науки ведут свое происхождение от практики, развиваются под давлением материальных потребностей человека.
Конт, кичась приписанным им самому себе «открытием» пресловутого «закона трех состояний», одним росчерком пера уничтожал труды всех исследователей законов общественного развития. Прежде всего он обрушивался на экономистов, уверяя, что они якобы неизбежно чужды всякой идее научного наблюдения, всякому пониманию естественных законов... Тимирязев возражает Конту в пометке на полях его книги: «Маркс». Тимирязев видит, что именно Маркс, а не кто-либо другой и тем более не Конт, подошел к истории общества как к естественно-историческому процессу, происходящему в силу внутренних закономерностей развития общества. В одном из поздних вариантов 10-й лекции своего «Исторического метода в биологии» Тимирязев развивает эту мысль, критикуя Конта: «Конт в своей социологии отправляется от современной ему политической экономии, как от чего-то данного... Маркс понял, что нужно начинать с „Критики политической экономии". Только построенная на научной основе „Экономического материализма" социология была бы более согласна с духом положительной философии, чем социология самого творца положительной философии». В тех же черновых записях мы находим высказывания Тимирязева, которые показывают, что он считал действительно научными не биологию и социологию Конта, а биологию Дарвина и социологию Маркса: «Как дарвинизм должен заменить и в известной степени дать более глубокое научное обоснование биологии Конта, так экономический материализм должен существенным образом изменить основы его социологии, но оба в сходном направлении — в направлении естественно-историческом, естественно-научном, т. е. в духе... политического освобождения от пережитков теолого-метафизических, пережитков эпохи наследников остатков этого учения».
От Конта у Тимирязева, в конце концов, сохраняется, таким образом, только одно название: «положительная философия». Больше того, он прямо говорит о том, что философия Конта страдала «теолого-метафизическими пережитками», от которых были свободны философия Маркса и в значительной мере учение Дарвина.
Таким образом, Тимирязев, вопреки собственному заявлению о принадлежности к позитивизму, в действительности критикует основные реакционные и идеалистические положения Конта. Однако Тимирязев, указывая на порочность этих положений, не понимает того, что именно они составляют существо позитивизма. Не владея диалектическим материализмом, Тимирязев не смог понять, что квазинаучная фразеология Конта, его утверждение, будто позитивизм есть «философия науки», является всего лишь вывеской, ширмой, прикрывающей идеалистическое существо его взглядов. Тимирязев начал приоткрывать эту завесу, правильно указывая на основные пороки позитивизма, но делал это робко, нерешительно, считая эти по существу исходные идеалистические положения позитивизма чем-то побочным и второстепенным для него. Поэтому Тимирязев иногда использует фразеологию Конта, давая ей материалистическое истолкование.
Итак, решающее значение в формировании взглядов Тимирязева имели те общественно-экономические условия, которые сложились в России во второй половине XIX в. Распад феодальных отношений, рост капитализма, усиление классовой борьбы крестьянства против крепостничества и его пережитков и отражавшая эти условия русская классическая философия и наука, а также эволюционное учение Дарвина — вот те основные социальные и идейные факторы, которые определяли направление общественно-политических, философских и естественно-научных взглядов славного корифея русского естествознания. Мировоззрение Тимирязева так же, как и его учителей — Чернышевского, Герцена, Белинского, Писарева, Сеченова, характеризуют следующие принципы: горячая защита интересов трудящихся, борьба за их просвещение и свободу, глубокий, неиссякаемый патриотизм, непоколебимая вера в творческие силы русского народа, в его светлое будущее; материалистическое решение основного вопроса философии об отношении материи, природы, бытия к сознанию, духу, идее и непримиримая борьба против идеализма, против всего отжившего, косного, устарелого; изучение явлений природы в их движении и взаимосвязи; рассмотрение философских проблем в тесной связи с естествознанием, с его новейшими достижениями.
С конца XIX в. огромное влияние на развитие мировоззрения Тимирязева оказала героическая борьба русского пролетариата, возглавляемая марксистско-ленинской партией. Активное участие Тимирязева в борьбе прогрессивных сил общества против сил реакции и мракобесия привело Тимирязева к единственному, до конца революционному классу — пролетариату и к его единственно научной идеологии — марксизму-ленинизму. Изучение выдающихся произведений марксистско-ленинской теории помогло Тимирязеву к концу жизни стать в области политики приверженцем идей пролетарской революции и диктатуры пролетариата, в области философии — начать переход к диалектическому материализму. Как происходил этот переход, Мы подробно рассмотрим позднее, в заключительной главе книги.
